有限公司申请破产债务的处理要先从公司的财产中除去破产费用，剩余的财产再来偿还债务。当企业破产后的资产不足以偿还所有的费用时，可以按比例，优先偿还破产费用。
根据我国《企业破产法》第四十一条 人民法院受理破产申请后发生的下列费用，为破产费
(一)破产案件的诉讼费用;
(二)管理、变价和分配债务人财产的费用;
(三)管理人执行职务的费用、报酬和聘用工作人员的费用。
企业法人符合破产条件，企业法人不能清偿到期债务，并且资产不足以清偿全部债务或者明显缺乏清偿能力的，可以向法院申请破产清算还债；破产人无财产可供分配的，人民法院裁定终结破产程序，债务不再偿还。
《企业破产法》第十八条规定破产原因即破产界限的规定为：企业法人不能清偿到期债务，并且资产不足以清偿全部债务或者明显缺乏清偿能力的，依照本法规定清理债务。
有限公司破产法人承担的责任：公司是企业法人，有独立的法人财产，享有法人财产权。公司以其全部财产对公司的债务承担责任。找法网提醒您，有限责任公司的股东以其认缴的出资额为限对公司承担责任；股份有限公司的股东以其认购的股份为限对公司承担责任。
