疫情期间解除劳动合同是否合法，要依据具体情况而定，如果在隔离期间解除确诊病人、疑似病人等人劳动合同，是不合法的。根据人社厅发布的通知：新型冠状病毒感染的肺炎患者、疑似病人、密切接触者在其隔离治疗期间或医学观察期间以及因政府实施隔离措施或采取其他紧急措施导致不能提供正常劳动的企业职工，企业应当支付职工在此期间的工作报酬，并不得依据劳动合同法第四十条、四十一条与职工解除劳动合同。在此期间，劳动合同到期的，分别顺延至职工医疗期期满、医学观察期期满、隔离期期满或者政府采取的紧急措施结束。
疫情期间不服从居家办公安排的能以严重违纪解除，根据人社部发〔2020〕8号文规定，符合远程办公条件的企业可以安排员工居家办公。原则上，员工无正当理由不得拒绝。否则，企业可以按照规章制度规定做违纪处理直至解除。需要注意的是，规章制度中应有不服从工作安排的违纪情形，并且员工能够构成严重违纪程度，比如多次不服从等，否则可能构成违法解除。另外，不服从工作安排，是以具备在居家办公条件为前提。如员工不具备在家完成公司安排工作的条件，则不能以此解除。
疫情期间解除劳动合同的赔偿：因用人单位的过错解除劳动合同的，用人单位应当向劳动者支付双倍赔偿金，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
