员工不胜任协商解除劳动合同的方式有：
1.单位有充分证据证明劳动者不能胜任本职工作;
2.在劳动者不能胜任工作时，不能马上解除劳动合同，需经过培训或者调整工作岗位的程序;
3.需要提前30天以书面形式通知或支付一个月的工资。若满足以上条件，单位与用人单位解除劳动关系，用人单位需要支付劳动者工作年限经济补偿金。
协商解除劳动合同情况有：
1.经劳动合同当事人协商一致，劳动合同可以解除。
2.用人单位与劳动者都协商一致，可以解除劳动合同。
劳动合同法第46条：有下列情形的，用人单位应当向劳动者支付经济补偿：(二)用人单位依照本法第36条规定向劳动者提出解除劳动合同并与劳动者协商一致解除劳动合同的。
协商解除劳动合同要注意的有：
1.确认书的条款。内容大致就是介绍协议书的签订目的及双方此前签订有合法的劳动合同。
2.协商解除条款。内容是用人单位和劳动者协商一致解除了劳动关系，重点在突出协商一致。
3.工资、奖金、经济补偿条款。目的是对双方最为关系的薪金和补偿问题作出约定。
4.保密条款。用人单位和劳动者之间签订劳动合同时肯定有保密条款的约定，找法网提醒您，对于用人单位而言，在协商解除劳动合同协议书中再次提及保密条款，要求劳动者在一定期限内继续履行保密义务，对于用人单位是更为稳妥和安全的考量。
5.无进一步纠纷条款。该条款内容是劳动者承诺对用人单位没有进一步的纠纷或者诉讼，同时也承诺放弃就上述事项主张实体和程序性权利。
6.自愿签订条款。
