（一）法律依据不同。
聘用合同的法律依据是《关于在事业单位试行人员聘用制度意见的通知》和《事业单位人事管理条例》等，劳动合同的法律依据是《劳动法》、《劳动合同法》等。
（二）适用对象不同
聘用合同适用的范围主要为事业单位，劳动合同适用的主体为企业。
（三）试用期及合同期限不同
聘用合同的试用期可以为12个月，劳动合同中的试用期最长不得超过六个月。
（一）适用范围不同
狭义劳动合同适用的主体为企业，聘用合同制度的内容反映了事业单位的用人制度通过订立劳动合同以实现其物质产品的生产。事业单位则是从事非生产经营活动的组织，通过订立聘用合同实现的劳动成果主要表现为精神产品和知识产品。企业的生产活动以营利为目的，事业单位从事的服务活动属于社会公益事业，在实现其经济效益的同时，必须把社会效益放在首位。
（二）政府干预的程度不同
目前事业单位仍在改革当中，作为聘用合同一方当事人的用人单位尚不是完全意义上的独立的市场主体，这一点与企业已在改革中成为独立的市场主体也有所区别。国家在一些重要方面对事业单位仍实行宏观管理，主要表现在以下方面：
1、编制管理
目前由国家核拨经费的事业单位仍实行严格的编制管理；
2、经费管理
建国后，事业单位一直承袭行政机关的管理方式，经费全部由国家核拨。80年代后，事业单位相继进行财政、人事等领域的改革后，形成全额、差额拨款、自收自支几种类型的事业单位。90年代后期，国家对事业单位的拨款改为定额补助的形式。但事实上，事业单位的经费仍有国家全额补助、差额补助等形式。如教育系统的中小学，教学计划及教师的工资福利等都是按照国家有关规定进行的。
3、工资制度
事业单位向聘用人员支付的工资报酬，主要是按照国家规定的标准支付。按照国家关规定，事业单位的专业技术人员分别实行不同类型的工资制度，如专业技术人员职务等级工资制、专业技术人员职务岗位工资制、事业单位的专业技术人员分别实行不同类型的工资制度，如专业技术人员职务等级工资制、专业技术人员职务岗位工资制、艺术结构工资制、体育津贴奖金等，以及人员等级工资制。
在近年的改革中，许多事业单位加大了岗位工资的比例，但其工资的刚性程度远大于企业，这也是由事业单位的公益性和改革的渐进性决定的。因此，事业单位与聘用人员订立聘用合同的内容不仅反映该事业单位的意志、也应当体现国家宏观管理的内容。
（三）管理监督部门不同
按照国务院各部门的职能分工，目前，事业单位和企业分别由国务院人事部和劳动保障部对其进行宏观政策指导和监督。这一体制有利于分工负责，也产生一些弊端。聘用合同实施过程中，有关部门的宏观政策协调，工作协调以及对具体执行政策的区别与衔接的把握，对于从整体上推进事业单位和企业的改革，维护社会稳定是十分重要的。
（四）聘用合同的具体制度体现事业单位的性质和特点
聘用合同是按照国家规定订立的合同，双方当事人订立、变更、解除合同，必须遵守国家有关规定。聘用合同的具体制度反映事业单位内部组织结构与管理制度与企业的区别。
例如关于事业单位聘用人员程序的规定，明确规定聘用人员要经过公布空缺岗位及职责、聘用条件、工资待遇、由聘用组织进行考试或者考核、事业单位负责人集体讨论审定等程序；
关于事业单位可以单方面解除聘用合同、随时解除聘用合同、以及不得解除聘用合同的条件，受聘人员解除聘用合同的条件等制度都体现了事业单位用人制度的特点，与劳动合同的具体制度有所区别。
劳动合同和正式合同包含如下：
（一）合同性质不同。雇佣合同是受雇人为雇佣人提供服务的合同；劳动合同是用人单位与劳动者之间确定劳动关系的劳动用工合同。
（二）合同目的不同。雇佣合同以提供劳务为目的，是以雇佣人对受雇佣人的劳动行为的支配为合同标的，而劳动合同则是以劳动者成为用人单位的内部成员为目的。
（三）受国家干预的程度不同。雇佣合同更多的体现是当事人的意思自治，是当事人平等协商一致的结果，国家干预的程度较小；而劳动合同除了体现当事人意思自治外，更多的内容体现了国家干预，劳动法对合同的订立程序、用人单位的义务、工作条件、劳动保护、最低工资、合同的解除等都作了特别规定，体现了国家对劳动者的特别保护。
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