违章建筑根据是否超过批准期限进行补偿。拆除违章建筑和超过批准期限的临时建筑，不予补偿，同时根据实际情况可以并处罚款；拆除未超过批准期限的临时建筑，应当给予适当补偿。
法律依据：
《城乡规划法》第六十六条
建设单位或者个人有下列行为之一的，由所在地城市、县人民政府城乡规划主管部门责令限期拆除，可以并处临时建设工程造价一倍以下的罚款：
（一）未经批准进行临时建设的；
（二）未按照批准内容进行临时建设的；临时建筑物、构筑物超过批准期限不拆除的。
（一）范围不同：
（１）违法建筑的范围窄，仅指违反法律、行政法规的规定所建造的建筑物。
（２）违章建筑的范围较宽，指违反法律、法规和规章的规定所建造的建筑物。《国有土地上房屋征收与补偿条例》使用了“违法建筑”，显然将违法建筑认定为狭义的违章建筑。
（二）违反法律法规不同：
（１）违章建筑：违反《土地管理法》、《城乡规划法》、《村庄和集镇规划建设管理条例》等相关法律法规的规定动工建造的房屋及设施。
（２）违法建筑：违反《中华人民共和国土地管理法》《中华人民共和国城乡规划法》等。
（一）违法建筑在被行政主管机关定性之前，依法应受到保护
按照物权法的基本原理，除了无主财产之外，只要有物存在，就必然存在着物权。就违法建筑而言，在被行政主管机关确认为违法建筑之前，已经被违法建筑的所有权人实际控制着，因则违法建筑的所有人享有着对该违法建筑的实际的占有、使用、收益的权利。这种权利，是基于对建筑材料的合法占有而享有的，故法律应当予以适当的保护。
任何部门在未经规划部门对建筑进行合法性认定前，私自强制拆除，必然侵害所有权人的权利，所有权人有要求私自强拆行为人给予补偿。
（二） 违法建筑的拆除一定要按照法律程序规定，任何违反法律规定的拆除都是可以抵制的。
违法建筑的所有权人应严格核查拆除单位是否按照法律程序对自己的违法建筑进行拆除；如拆除单位未按照程序进行拆除，所有权人完全可以拒绝违法拆除。同时，拆除单位尽快拆除违法建筑的目的是为了达到推进与自己利益关系的工程进展等目的，违法建筑的所有权人只要按照法定程序行使自己申请复议的权利等等，必然可以使拆除单位的进展放缓，这样就能为违法建筑所有权人争取得到谈判、补偿的机会。
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