依据国有土地上房屋征收与补偿条例的规定，房屋征收拆迁补偿方案是由房屋征收部门拟定的，由市、县级人民政府组织有关部门进行论证。
《国有土地上房屋征收与补偿条例》
第十条 房屋征收部门拟定征收补偿方案，报市、县级人民政府。
市、县级人民政府应当组织有关部门对征收补偿方案进行论证并予以公布，征求公众意见。征求意见期限不得少于30日。
第十一条 市、县级人民政府应当将征求意见情况和根据公众意见修改的情况及时公布。
因旧城区改建需要征收房屋，多数被征收人认为征收补偿方案不符合本条例规定的，市、县级人民政府应当组织由被征收人和公众代表参加的听证会，并根据听证会情况修改方案。
第十二条 市、县级人民政府作出房屋征收决定前，应当按照有关规定进行社会稳定风险评估；房屋征收决定涉及被征收人数量较多的，应当经政府常务会议讨论决定。
作出房屋征收决定前，征收补偿费用应当足额到位、专户存储、专款专用。
（一）现实中政府以土地储备为由征收土地，能否确定土地储备的公益性
当前，作为征收事由的公共利益在实践中有被滥用的倾向。个别政府以旧城改造为名进行商业开发，引发争议。
（二）被征收房屋性质如何认定
被征收房屋的性质如何认定，是在实际的工作中经常遇到的问题，例如在住改商房屋征收中，登记的是住房，而实际中却有很多是在底层，用作经营，这种登记是住房，实际是商业性使用的房屋如何补偿，现在法律法规也没有具体的规定，实践中争议很大。
(三)被征收房屋如何评估
根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》规定：房地产价格评估机构由被征收人协商选定；协商不成的，通过多数决定、随机选定等方式确定，具体办法由省、自治区、直辖市规定。
（一）房屋价值补偿标准
这里的房屋补偿，是指对被征收的国有土地上建筑物价值进行的补偿，按不低于房屋征收决定公告之日被征收房屋类似的市场价格，并请有评估资质的评估机构进行评估确定。这里的市场价格，地级市政府部门都会依据每年住宅房屋市场价格规律，制定出相应房屋市场价格表供当地被拆迁的居民进行参考。
（二）搬迁费和临时安置费
（三）停产停业损失的补偿
该费用针对非住宅类房屋运营性房屋进行补偿，因为属个案，补偿标准不能统一，一般是有征收当事人进行协商确定，协商不成的，可委托房地产价格评估机构评估确定。
（四）补助和奖励
补助包括困难补助和公摊补助。困难补助是针对贫困人员进行的补助，依据当地政府出具的标准确定；公摊补助针对所有被拆迁人的房屋公摊进行的额外补助，也会出具公摊补助标准。
（五）房屋装修补偿及家电设备移机补偿
房屋装修补偿也是先有当事人协商，协商不成由评估机构评估确定，家电设备移机也是参照上述方式实施。不过为统一、方便，各县市会依照市场价格出具具体的补偿标准，具体数额以发布时征收拆迁时出具的补偿标准为准。
一般来说，依据国有土地上房屋征收与补偿条例的规定，房屋征收拆迁补偿方案是由房屋征收部门拟定的，由市、县级人民政府组织有关部门进行论证。以上便是找法网小编为您带来关于拆迁补偿方案是由哪个部门制定的的相关内容，若大家有什么不了解的或者是有其他疑问的可以咨询找法网的律师。
