房地产企业土地增值税清算后尾房销售，应根据《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》(国税发[2006]187号)第八条规定，在土地增值税清算时未转让的房地产，清算后销售或有偿转让的，纳税人应按规定进行土地增值税的纳税申报，扣除项目金额按清算时的单位建筑面积成本费用乘以销售或转让面积计算(单位建筑面积成本费用=清算时的扣除项目总金额÷清算的总建筑面积)。纳税人已清算项目继续销售的，应在销售的当月进行清算，不再先预征后重新启动土地增值税清算。
这是因为，土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算。也就是说，土地增值税是以一个项目为单位进行的清算，对属于同一清算单位所发生的房地产开发成本费用是不得从其他的房地产开发项目中扣除，对同一项目也不能作为两个清算单位。所以对一个开发项目清算后，剩余的房产再转让不能再单独作为一个清算单位计算土地增值税。
国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知国税函[2010]220号六、关于拆迁安置土地增值税计算问题
（一） 房地产企业用建造的本项目房地产安置回迁户的，安置用房视同销售处理，按《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号）第三条第（一）款规定确认收入，同时将此确认为房地产开发项目的拆迁补偿费。房地产开发企业支付给回迁户的补差价款，计入拆迁补偿费;回迁户支付给房地产开发企业的补差价款，应抵减本项目拆迁补偿费。
（二） 开发企业采取异地安置，异地安置的房屋属于自行开发建造的，房屋价值按国税发[2006]187号第三条第（一）款的规定计算，计入本项目的拆迁补偿费;异地安置的房屋属于购入的，以实际支付的购房支出计入拆迁补偿费。
（三） 货币安置拆迁的，房地产开发企业凭合法有效凭据计入拆迁补偿费。
第一章 总则
第一条 为了改革城镇国有土地使用制度，合理开发、利用、经营土地，加强土地管理，促进城市建设和经济发展，制定本条例。
第二条 国家按照所有权与使用权分离的原则，实行城镇国有土地使用权出让、转让制度，但地下资源、埋藏物和市政公用设施除外。前款所称城镇国有土地是指市、县城、建制镇、工矿区范围内属于全民所有的土地（以下简称土地）。
第三条 中华人民共和国境内外的公司、企业、其他组织和个人，除法律另有规定者外，均可依照本条例的规定取得土地使用权，进行土地开发、利用、经营。
第四条 依照本条例的规定取得土地使用权的土地使用者，其使用权在使用年限内可以转让、出租、抵押或者用于其他经济活动，合法权益受国家法律保护。
第五条 土地使用者开发、利用、经营土地的活动，应当遵守国家法律、法规的规定，并不得损害社会公共利益。
第六条 县级以上人民政府土地管理部门依法对土地使用权的出让、转让、出租、抵押、终止进行监督检查。
第七条 土地使用权出让、转让、出租、抵押、终止及有关的地上建筑物、其他附着物的登记，由政府土地管理部门、房产管理部门依照法律和国务院的有关规定办理。
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