（一）房企经济利益的驱使所然
房地产开发企业在进行房地产项目结算时将面临严格和全面的土地增值税清算。开发商的心态很复杂，主流的心态是观望。希望新政策能有回旋的空间，使企业避免将较大部分利润上缴。
事实上，房地产企业规避土地增值税有很多办法，主要的办法有通过关联交易低价销售、签定虚假协议多开发票做高成本、拖延清算时间递延纳税等。做高成本和贷款利息是通常做法，因为计算土地增值超额部分是要扣除掉这些成本的。
（二）税务机关的征收原因
一是土地增值税清算的工作量实在太大，真的开展土地增值税清算工作，地税局的工作人员根本忙不过来，因为土地增值税清算涉及复杂的扣除项目，包括土地款、房地产开发成本、费用和转让房地产有关税金等。如果是滚动开发的企业的查账核算，还需要更大的人力物力，所以地税局马上开展这项工作比较难。加上现实中，不少开发企业财务制度不健全，成本核算不规范，使得税务部门在计算土地增值税有许多不便于操作的地方。
二是土地增值税计算方式较为复杂。清算工作涉及复杂的扣除项目，包括取得土地使用权所支付的金额、房地产开发成本、房地产开发费用、与转让房地产有关的税金等等。再加上房地产项目的开发周期一般较长，投资活动比较复杂，如果是滚动开发的房地产企业，对其进行查账核算往往需要投入大量的人力、物力，基层税务部门要按通知要求做到“每项目必清算”确有难度。
三是项目运作制增加了清算的难度。一些房产项目原属合作开发，房产公司也系临时组建，企业账目较为乱，不少项目建成后公司立即注销，投资者分钱走人，现在回头要求其清算补交税款，不仅征管成本较高，而且因为历时较久，个别投资商的经济状況发生变化，要完全追缴到位也显得困难重重。
（三）地方政府的行为考量
一是地方政府还有很重的保护主义思想。很多地方的房地产业是地方经济的龙头产业，要是清算土地增值税肯定会使房地产业受到影响，进而影响地方经济发展。
二是现行财政分配方式使得地方政府动力不足。其实对于地方政府来说，是不愿意对土地增值税进行清算的，根据相关规定，清算所得的土地增值税75%需上缴国家，25%才留给地方，地方政府清算的动力也不足。土地增值税属于地税税种，在具体征缴比例和方式上也由地方政府自行认定。其间就存在着巨大的灰色空间。
三是地方政府与开发商之间的经济利益关系纽带从来都不曾断过。一直以来，地方政府与开发商之间的经济利益关系纽带从来都不曾断过。房地产开发作为地方GDP的重要支撑，与地方财政有着相当大的利益牵连，这或许也是在《通知》实施后，多数城市的清算细则迟迟难以公布的原因所在。土地增值税的严格征收，对于增加地方财政收入，优化地方财政收入结构具有积极作用。但根据现有税收体制，土地增值税清算所得只有50%留给地方，使得地方政府不愿“舍大求小”，在清算政策执行上显得动力不足，难以形成好的执法环境。
（四）相关税收政策的缺陷漏洞
政策尚未明确，实际执行尺度不一。在实际工作中我们还是发现一些问题目前政策尚未明确，实际执行尺度不一，包括土地增值税在内的房地产税收漏洞很多很复杂，稽查困难。这给清算工作带来一定困难。
（一）当项目符合清算条件时，向税局申请清算。
（二）先做一个测算。
（三）找一家税务师事务所帮忙出鉴证报告和申报表。这里找的税务师事务所的工作人员第一开始会按照比较严格的标准来给出底稿，要有足够的准备，得有好几个回合的沟通，达到要的标准又不触犯发售法规的情况下，同意让税务师事务所出报告，最好找两家以上的税务师事务所出鉴证。
（四）出来鉴证之后，去税务局交相关资料。
（五）税局会组织清算小组，会有好几个人，等他们人员都到齐了开始审核，中间会有很多的地方需要沟通的。
（六）他们审核完毕，认了申报的数据或者认了他们清算出来的数据。
（七）通知你交税，会下个通知单，15日之内把税交了就算结束了。
纳税人符合下列条件之一的，应进行土地增值税的清算：（一）房地产开发项目全部竣工、完成销售的；
(二)整体转让未竣工决算房地产开发项目的；
(三)直接转让土地使用权的。对符合以下条件之一的，主管税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算。
1、已竣工验收的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上，或该比例虽未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的；
2、取得销售（预售）许可证满三年仍未销售完毕的；
3、纳税人申请注销税务登记但未办理土地增值税清算手续的；
4、省（自治区、直辖市、计划单列市）税务机关规定的其他情况。
对前款所列第（3）项情形，应在办理注销登记前进行土地增值税清算。
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