总公司申请破产后，在破产程序终结的情况下，总公司要办理注销登记，部公司法人资格消失的，分公也要注销。
第一百二十条 破产人无财产可供分配的，管理人应当请求人民法院裁定终结破产程序。
管理人在最后分配完结后，应当及时向人民法院提交破产财产分配报告，并提请人民法院裁定终结破产程序。
人民法院应当自收到管理人终结破产程序的请求之日起十五日内作出是否终结破产程序的裁定。裁定终结的，应当予以公告。
第一百二十一条 管理人应当自破产程序终结之日起十日内，持人民法院终结破产程序的裁定，向破产人的原登记机关办理注销登记。
第一百二十二条 管理人于办理注销登记完毕的次日终止执行职务。但是，存在诉讼或者仲裁未决情况的除外。
（一）依照我国《公司法》第１４６条的规定，担任破产清算的公司、企业的董事或者厂长、经理，对该公司、企业的破产负有个人责任的，自该公司、企业破产清算完结之日起未逾三年，不得担任公司的董事、监事、高级管理人员。
（二）依照新《企业破产法》第１２５条第２款的规定，如果是因企业董事、监事或者高级管理人员违反忠实义务、勤勉义务，致使所在企业破产的，自破产程序终结之日起三年内不得在任何企业担任董事、监事、高级管理人员。
１、经营设立方面。
（１）分公司一般便于经营，财务会计制度的要求也比较简单；
（２）分公司承担成本费用可能要比子公司节省；
（３）分公司的设立相对简单，费用较少；
（４）因为总公司可以根据经营状况调整对分公司的资本的注入，所以经营风险相对比较小；
（５）在投资限额上，总公司对分公司的投入原则上不受限制。
２、税务方面。
（１）分公司不是独立法人，就流转税在所在地缴纳，利润由总公司合并纳税。在经营初期，分公司往往出现亏损，但其亏损因其与总公司“合并报表”正好可以冲抵总公司的利润，减速少应税所得，减轻税收负担；
（２）分公司交付给总公司的利润通常不必缴纳预提税；
（３）分公司与总公司之间的资本转移，因不涉及所有权变动，不必负担税收。
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