个人所得税是针对个人取得的所得而缴纳的一种税，根据个人所得税法第二条规定的各项个人所得按适用税率计算缴纳个人所得税，以所得人为纳税义务人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。您问题所说市场的业主支付给商家因房屋漏雨而造成损失的赔偿金，我们理解不需要代扣代缴个人所得税。
补偿金超过当地年职工平均工资3倍的要缴纳个人所得税，三倍以内的不用缴纳个人所得税。
根据《财政部、国家税务总局关于个人与用人单位解除劳动关系取得的一次性补偿收入征免个人所得税问题的通知》的规定。
个人所得税是调整征税机关与自然人（居民、非居民人）之间在个人所得税的征纳与管理过程中所发生的社会关系的法律规范的总称。 计算方式：以个人取得的一次性经济补偿收入，除以个人在本企业的工作年限数，以其商数作为个人的月工资，薪金收入，按照税法规定计算缴纳个人所得税。个人在本企业的工作年限数按实际工作年限数计算，超过12年的按12计算。涉及实际操作问题以主管税务机关的判定为准。 辞退补偿金在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分，不缴个税，超出3倍部分，需要缴纳个税。
根据《关于个人与用人单位解除劳动关系取得的一次性补偿收入征免个人所得税问题的通知》（财税[2001]157号）文件规定，个人因与用人单位解除劳动关系而取得的一次性经济补偿收入、退职费、安置费等所得要按照以下方法计算缴纳个人所得税：
1、个人因与用人单位解除劳动关系而取得的一次性补偿收入（包括用人单位发放的经济补偿金、生活补助费和其他补助费用），其收入在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分，免征个人所得税;超过的部分按照《国家税务总局关于个人因解除劳动合同取得经济补偿金征收个人所得税问题的通知》（国税发[1999]178号）的有关规定，计算征收个人所得税。即可视为一次取得数月的工资、薪金收入，允许在一定期限内进行平均。具体平均办法：以个人取得的一次性经济补偿收入，除以个人在本企业的工作年限数，以其商数作为个人的月工资、薪金收入，按照税法规定计算缴纳个人所得税。个人在本企业的工作年限数按实际工作年限数计算，超过12年的按12年计算;
2、个人领取一次性补偿收入时按照国家和地方政府规定的比例实际缴纳的住房公积金、医疗保险费、基本养老保险费、失业保险费，可以在计征其一次性补偿收入的个人所得税时予以扣除;
3、企业依照国家有关法律规定宣告破产，企业职工从该破产企业取得的一次性安置费收入，免征个人所得税;
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