《医疗事故处理条例》第四十六条、第四十七条明确指出：发生医疗事故的赔偿等民事责任争议，医患双方可以协商解决，应当制作协议书，并由双方当事人在协议书上签名。
医疗事故的赔偿共包括11项费用，应一次性结算
《条例》第五十条对医疗事故赔偿规定了赔偿项目和赔偿标准，共有11项费用：医疗费、误工费、住院伙食补助费、陪护费、残疾生活补助费、残疾用具费、丧葬费、被抚养人生活费、交通费、住宿费及精神损害抚慰金。各项费用根据不同情形均有相应计算标准。《条例》第五十二条规定，医疗事故赔偿费用，实行一次性结算，由承担医疗事故责任的医疗机构支付。
发生医疗事故的医务人员可被暂停6个月～1年行医，甚至吊销执业证书
《条例》第五十五条规定，医疗机构发生医疗事故的，由卫生行政部门根据医疗事故等级和情节，给予警告;情节严重的，责令限期停业整顿直至由原发证部门吊销执业许可证，对负有责任的医务人员依照刑法关于医疗事故罪的规定，依法追究刑事责任;尚不够刑事处罚的，依法给予行政处分或者纪律处分。对发生医疗事故的有关医务人员，除依照前款处罚外，卫生行政部门并可以责令暂停6个月以上1年以下执业活动;情节严重的，吊销其执业证书。
另外，《条例》也对患方提出了要求，第五十九条明确规定，以医疗事故为由，寻衅滋事、抢夺病历资料，扰乱医疗机构正常医疗秩序和医疗事故技术鉴定工作，依照刑法关于扰乱社会秩序罪的规定，依法追究刑事责任;尚不够刑事处罚的，依法给予治安管理处罚。
孙教授最后指出，新的《医疗事故处理条例》与《医疗事故处理办法》相比，有了长足进步，但也还存在一定不足，如对医务人员参加保险等就未涉及。《条例》的实施，将对促进我国医学事业的发展、保护医患双方共同的利益起到一定推动作用，具体效果还有待临床实践的检验，因为实践是检验真理的唯一标准。
