1、内容不同
在毕业生就业协议当中，毕业生的义务是向用人单位如实地介绍自己的情况，并按时到用人单位进行报到。用人单位的义务是如实向毕业生介绍自己的情况，负责办理毕业生有关手续。学校的义务则是负责完成有关的派遣工作，毕业生就业协议是毕业生分配的具体体现。劳动合同是劳动者与用人单位确立的劳动关系，明确双方的权主体不同利和义务的合同。
2、主体不同
就业协议书主体有三方，毕业生、用人单位、高等院校。毕业生和用人单位是人才市场上的平等主体，双方经过供需见面，双向选择而达成协议。劳动合同的主体双方，则是劳动者和用人单位，用人单位和劳动者之间是管理和被管理的关系。
3、法律依据不同
毕业生就业协议是无名合同，适用《民法通则》、《合同法》、国家有关毕业生就业分配的法律法规和其他相关政策规定，这个协议一经签订，各方应严格履行，任何一方要变动这个协议，需提前一个月取得另外两方面的同意，否则按违约处理。劳动合同是有名合同，适用《劳动法》、《劳动合同法》、《劳动争议调解仲裁法》等法律规范。
4、签订时间不同
一般来说就业协议签订在前，劳动合同订立在后。就业协议是毕业生在找工作过程中落实用人单位后签订的，就业协议的签订在学生离校前。劳动合同是毕业生到用人单位报到后订立的。如果毕业生与用人单位在工资待遇、住房等方面有事先约定，可在就业协议的约定条款中注明，附后补充**日后订立劳动合同时对此内容应予以认可。
5、适用的人员不同
劳动合同可以适用与各类人员。凡是中华人民共和国公民只要有劳动能力并符合法律规定的条件，经过供需见面双向选择，一经录用都可以与用人单位签订劳动合同。就业协议只适用与高校毕业生。
6、纠纷解决方式不同
毕业生因就业协议发生纠纷，任何一方均可以向人民法院提起诉讼，不能提请劳动争议仲裁。若因劳动合同发生纠纷，任何一方均可向当地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁，当事人对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提请诉讼;仲裁是诉讼的前置程序，如当事人就劳动争议直接向人民法院起诉的，人民法院不予受理。
