工伤认定是劳动行政部门依据法律的授权对职工因事故伤害（或者患职业病）是否属于工伤或者视同工伤给予定性的行政确认行为。
劳动者在工作或视同工作过程中因操作不当或其它原因造成了对人身的侵害，为了鉴定该侵害的主体而对过程进行的定性的行为。根据我国的相关规定，一般由劳动行政部门来确认。
１．属于具体行政行为；
２．属于行政确认行为。确认的结果有四种：是工伤，非工伤，视同工伤，不视同工伤；
３．属于须申请的行政行为。＂不申请，不认定＂是工伤认定程序的特点；
４．单位、职工或其近亲属一方对工伤认定结论不服的，可以选择申请行政复议或者进行行政诉讼。
员工因为工伤认定和单位出现纠纷是可以申请劳动仲裁的，主要是在员工无法证明与用人单位存在劳动关系时会出现纠纷。
根据《工伤保险条例》第十八条规定， 提出工伤认定申请应当提交下列材料：
（一）工伤认定申请表；
（二）与用人单位存在劳动关系（包括事实劳动关系）的证明材料；
（三）医疗诊断证明或者职业病诊断证明书（或者职业病诊断鉴定书）。
依据《劳动争议调解仲裁法》第二条规定， 中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用本法：
（一）因确认劳动关系发生的争议；
（二）因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议；
（三）因除名、辞退和辞职、离职发生的争议；
（四）因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议；
（五）因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议；
（六）法律、法规规定的其他劳动争议。
因此当员工申请工伤认定，但又无法证明与用人单位存在劳动关系而用人单位又否认与员工存在劳动关系时，可以申请仲裁。
建议员工要跟公司签订劳动合同，保存厂牌以及工资条等证据。
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条
中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用本法：
（一）因确认劳动关系发生的争议；
（二）因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议；
（三）因除名、辞退和辞职、离职发生的争议；
（四）因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议；
（五）因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议；
（六）法律、法规规定的其他劳动争议。
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