农业承包合同纠纷产生的原因多种多样，主要包括以下几种：
1、承包人的承包利益凸显后，其他农户因心理不平衡产生纠纷。
二十世纪八十年代后期以来，因农村税费名目烦多，农民认为种地无利可图，往往外出打工，致使土地抛荒，村、组或上一级政府经农民同意，将土地以较低价格租赁给第三人使用。而现在进行税费改革，取消了农业税，进行“水稻直补”，加之粮价及农副产品价格上涨，广大农民认识到种地有利可图，加之第三人承包利益显现时，农民在心理上产生不平衡，要求收回土地承包权成诉。
2、合同不规范，权利义务不明确缺乏必要的书面形式。
有的土地承包多是发包方“画地为牢”或“指河为界”，条款不完善，表述不准确，对土地的面积或位置没有明确规定，致使许多情况下双方发生纠纷案件事实很难查明。如某村集体作为发包方，实行指定地片进行发包，也就是经这块地按照习惯起一个简单的地名，如“村南岗东地”、“河西洼地”等，然后把承包户叫到该地确认一下就直接签订合同，在该村32份承包合同中，其中13份就是采用这种方法发包的，占承包合同的40.6%，因合同中没有确切的亩数，对土地的四至也仅能说出大体方位，致使其中5份在履行中发生争议，起诉到法院。还有的合同中没有保证合同履行的规定，造成合同履行过程中缺乏制约机制，影响承包效果，出现了随意缩短承包期、收回承包地和提高承包费;随意调整承包地，多留机动地;不尊重农民的生产经营自主权等。经发包方和具有农村土地资源管护责任的村民委员会、乡镇政府等侵害农民承包经营权益制造了条件。
3、发包程序不合法。
行法律对农村集体土地所有权主体的概念模糊，“农民集体”没有明确的法人代表，在行使具体权力时，作为所有权人的农民集体的真实意愿难以得到真正体现，对于村民小组等基层组织，在发包土地时，并未按照法律规定由村民小组会议决定，一些农村干部利用其地位，充当所有权代言人，为自己牟取利益，一旦发生争议，又以合同订立程序违法为由进行抗辩，使农民长期而有保障的土地承包经营权得不到实现。如某村民小组的原任组长以组里将土地承包给自己父亲使用，但未经过组民小组会议进行决定，现其父亲长期占有小组土地并不交纳承包费，致使村民小组起诉。
4、没有在法律理念上把土地承包权当作农民神圣不可侵犯的财产权利。
对农民权益的保护现行法律中缺少最直接、最具体的规定。农民的积极性不能得到很好的发挥，农民的土地承包权不能得到很好落实，归根结底还要落实到法律在农村土地承包权的规定上。
5、缺乏必要的矛盾调处机制。
农村土地承包纠纷的诉讼、调解和仲裁制度不完善，矛盾发生时没有相应的机制及时调处，有个别纠纷案件已经上升为刑事案件。同土地侵权引起的村民集体上访案时有发生。大量纠纷直接到法院起诉，而法院审理案件受相应程序法律的限制，不能及时审结，往往造成延误农时，使农村土地承包合同纠纷和农民权益得不至及时的处理和保护。
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