为解决商业银行的合并中的操作性问题，国务院有关部门，主要是人民银行，颁布了许多规范商业银行合并的行政规章，主要行政规章及有关内容如下：
城市合作商业银行(现已将城市合作银行改为城市商业银行，笔者注)合并，适用《商业银行法》规定；股东大会对城市商业银行合并作出决议，必须经出席会议的股东所持表决权的三分之二以上通过(中国人民银行《城市合作银行管理规定》)。金融机构合并，应事先报中国人民银行批准，办理变更手续(中国人民银行《金融机构管理规定》)。对于支付风险严重、资不抵债、拯救无望且资产负债规模较小的金融机构，可允许有关金融机构自愿兼并或收购，在冲销该机构股东权益后，由兼并或收购的金融机构承担相应的受法律保护的债权债务。兼并或收购金融机构须经人民银行批准(中国人民银行《防范和处置金融机构支付风险暂行办法》)。
同一商业银行分支机构合并的，合并前各分支机构的债权债务，由合并后的机构承担。对合并前各分支机构持有的《金融机构营业许可证》应由中国人民银行予以收缴，如中国人民银行《关于落实国有独资商业银行分支机构改革方案有关问题的通知》中规定，国有商业银行省(自治区)分行与所在城市分行合并后，省(自治区)分行所在城市分行的《金融机构营业许可证》(本、外币许可证未合并的含《经营外汇业务许可证》)由中国人民银行省(自治区)分行代缴；合并后的一级分行《金融机构营业许可证》继续使用原省(自治区)分行许可证。
对因严重违法违规经营、内部制度不健全或长期经营管理不善，被迫合并的金融机构的负有个人责任或直接领导责任的金融机构高级管理人员，人民银行可根据情节轻重及后果，取消1至10年(包括1年)直至终身的任职资格(中国人民银行《金融机构高级管理人员任职资格管理办法》)。
境外中资商业银行合并，其总管理机构应报经人民银行批准后办理(中国人民银行《关于进一步加强境外中资金融机构管理的通知》)。
外资商业银行管理机构合并，需向人民银行当地分支机构及时报告，公告重大事项后一个工作日内报告人民银行当地分支机构(《外资金融机构管理条例实施细则》)。
上市的商业银行的合并，应取得中国证券监督管理委员会的同意。公司与持有本公司股票的其他公司合并的情况下，经公司章程规定的程序通过，并报国家有关主管部门批准后，可以购回本公司的股票。上市公司的合并由出席股东大会的有表决权的三分之二以上通过。上市公司合并按照下列程序办理：(一)董事会拟定合并方案；(二)股东大会依照章程规定作出决议；(三)各方当事人签订签订合并合同；(四)依法办理有关审批手续；(五)处理债权债务等各项合并事项；(六)办理解散登记或者变更登记(中国证券监督管理委员会《上市公司章程指引》)。 城市商业银行在合并过程中，购买方实际支付的价款与被收购企业净资产的差额作为商誉的入账价值，除此外，商誉不得作价入账。非专利技术的计价应当经法定评估机构评估确认(国家税务总局《城市商业银行财务管理实施办法》)。
