为严格规范商业银行合并行为，在我国除法律规定外，还有国务院根据商业银行合并的需要而制定的许多行政法规，通过这些行政法规对商业银行的合并行为加以规范。目前主要有以下几部：
(1)规范商业银行合并程序和实体方面的行政法规。如我国《公司登记管理条例》适用于商业银行的合并行为。该《条例》规定，因合并而存续的公司，其登记事项发生变更，应当申请变更登记；因合并而解散的公司，应当申请注销登记；因合并而新设的公司，应当申请设立登记。公司合并应当自合并决议或者决定作出之日起90日后申请登记，提交合并协议和合并决议或者决定及公司在报纸上登载公司合并公告至少三次的证明和债务清偿或者债务担保情况的说明。股份有限公司合并，还应当提交国务院授权部门或者省、自治区、直辖市人民政府的批准文件(第三十四条)。变更登记事项涉及《企业法人营业执照》载明事项的，公司登记机关应当换发营业执照。公司因合并解散，公司清算组织应当自公司清算结束之日起30日内向原公司登记机关申请注销登记(第三十五条)。
我国《企业法人登记管理条例》适用于商业银行的合并行为。该《条例》第十九条规定，企业法人合并，应在主管部门或审批机关批准后30日内，向登记主管机关申请变更登记、开业登记或注销登记。因此，商业银行合并，应在中国人民银行和有关审批机关批准后30日内，向工商登记机关申请变更登记、开业登记或注销登记。《企业国有资产产权登记管理办法》适用于国有商业银行和国家参股的股份制商业银行的合并行为。该《办法》第八条规定，企业合并应当依照本办法，自变动之日起30日内办理变动产权登记。商业银行合并应遵守此规定。
1996年8月国务院《关于农村金融改革的决定》指出，在城乡一体化程度较高的地区，已经商业化的农村信用社，经整顿后组建成农村合作银行。农村信用社合并组建农村合作银行后，原农村信用社取消法人资格。合并金融机构必须经中国人民银行批准。由于我国农村信用社存在一定的特殊性，该《决定》对组建农村合作银行的工作没有大范围展开，目前我国只在几个县搞农村商业银行的试点工作，以期取得经验。国务院《国有资产评估管理办法》规定，国有资产占有单位进行兼并，应当进行资产评估。因此，国有商业银行和国家参股的商业银行进行兼并时，应当进行资产评估，以防止国有资产流失。
国务院《关于组建城市合作银行的通知》中规定，城市合作银行的组建工作应当遵循以下原则：(一)在组建城市合作银行时，凡不符合中国人民银行新发布的《城市信用合作社管理办法》规定的城市行用合作社，都必须加入城市合作银行。(二)城市合作银行实行全行统一的财务管理制度。加入城市合作银行的城市信用社，相应取消独立法人地位，其债权债务转为城市合作银行的债权债务。
(2)对商业银行合并中违法行为的处罚的行政法规。国务院《金融违法行为处罚办法》第五条规定，未经中国人民银行批准，金融机构合并的，给予警告，并处5万元以上30万元以下罚款；对该金融机构直接负责的高级管理人员，给予撤职直至开除的纪律处分。
