一、房地产项目完工后要进行土地增值税清算
我国土地增值税执行的是预征加清算的制度，即在房地产项目整体竣工销售完毕前，先按销售(含预售)额的一定比例(一般为1%到2%)预征一部分税，待整体项目竣工销售完毕再依照税法规定的计算方法进行全面的清算，多退少补。由于预征率相对比较低，在项目结束后往往都要补税，退税的情况很少。
二、土地增值税清算以项目为单位
土地增值税的计算是以政府部门审批规划的单个项目为单位，如果同一个项目分期进行开发，还要进一步以每一期为清算单位，分别计算其增值额及应交的土地增值税额。
土地增值税与企业所得税不同，企业所得税是以年为单位，对年度内所有项目的所得进行综合征收。而土地增值税计算以项目为单位，一个项目跨几个年度完成，要在项目完成的那个年度进行土地增值税清算。
三、土地增值税率是最高的
在房地产企业涉及的所有税种中，土地增值税的税率是最高的。我国现行企业所得税的税率是25%,而土地增值税的税率按照增值额与扣除项目金额的比率，分别为30%、40%、50%和60%。我国土地增值税适用的是超率累进税率。
土地增值税的税率
四、土地增值税的计税依据是项目的增值额
某项目的应纳土地增值税额=项目增值额*税率。项目增值额是纳税人转让房地产取得的收入减除取得土地使用权所支付的金额、开发土地的成本和费用、新建房及配套设施的成本和费用、与转让房地产有关税金等扣除项目后的余额。
五、土地增值税的清算条件
按照《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》的文件要求，土地增值税清算条件分为两种情形，一种情形是企业应该主动申报清算，另一种是由税务机关通知企业进行申报清算。
符合下列情形之一的，纳税人应主动申报进行土地增值税的清算：
1.房地产开发项目全部竣工、完成销售的;
2.整体转让未竣工决算房地产开发项目的;
3.直接转让土地使用权的。
符合下列情形之一的，主管税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算：
1.已竣工验收的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上，或该比例虽未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的;
2.取得销售(预售)许可证满三年仍未销售完毕的;
3.纳税人申请注销税务登记但未办理土地增值税清算手续的。
六、以房抵债、拆迁还建等将房产用于非货币性交易也要视同销售计入清算收入
开发商将自己开发的产品抵顶工程款或采用拆迁还建方式对被拆迁人进行实物安置，虽然未取得货币收入，但是按照税法的规定属于取得了其他形式的经济利益，也应该视同于取得了货币收入缴纳土地增值税。
税法规定房地产开发企业将开发产品用于职工福利、奖励、对外投资、分配给股东或投资人、抵偿债务、换取其他单位和个人的非货币性资产等，发生所有权转移时应视同销售房地产,其收入按下列方法和顺序确认：
