案例
非房地产企业A将一块取得时价款为500万元的土地使用权协议作价800万元投资到另一家非房地产企业B，一年后，由于各种原因，B企业又将该地块协议作价为1200万元投资到一家房地产开发企业C用于商住综合楼开发。
B企业在申报土地增值税时，确认收入为1200万元，扣除项目金额为800万元(为了方便计算，未考虑其他税费)，增值额为400万元，增值率为50%，税率为30%，应缴纳土地增值税为120万元。
主管税务机关在对B企业的纳税申报事项审核时，税企双方对扣除项目金额的确认产生了分歧，税务机关要求B企业应按500万元作为本转让环节的扣除项目金额，计算申报土地增值税。审核确定增值额为700万元，增值率为140%，税率为50%，速算扣除系数为15%，应申报缴纳土地增值税275万元(700×50%-500×15%=275万元)。
B企业认为主管税务机关的审核认定既不合理也不合法，争议较大。同时，税务机关内部也存在不同的处理意见：一种观点认为，应按A、B双方在投资环节时土地使用权协议作价金额，即800万元作为扣除项目金额计算征收土地增值税;一种处理观点认为，由于投资企业因享受税收优惠政策而未缴税，因此，应按A企业取得土地使用权时的支付金额作为扣除项目金额计算征收土地增值税。
笔者认为第一种处理意见比较合理合法。
分析
对于企业以房地产投资、联营的税收处理问题，财政部、国家税务总局出台了两个文件，一是《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》(财税字[1995]48号)，该文件第一条规定：对于以房地产进行投资、联营的，投资、联营的一方以土地(房地产)作价入股进行投资或作为联营条件，将房地产转让到所投资、联营的企业中时，暂免征收土地增值税。对投资、联营企业将上述房地产再转让的，应征收土地增值税;二是《财政部、国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》(财税[2006]21号)，该文件第五条规定，对于以土地(房地产)作价入股进行投资或联营的，凡所投资、联营的企业从事房地产开发的，或者房地产开发企业以其建造的商品房进行投资和联营的，均不适用财税字[1995]48号第一条暂免征收土地增值税的规定。
总体上讲，财税字[1995]48号文件确定了国家鼓励、支持企业以房地产投资、联营的税收优惠政策，而财税[2006]21号文件则进一步明确了企业以房地产投资、联营的税收征免的范围。按上述文件的规定，有两点需要明确和掌握：
1.以房地产投资、联营行为属于资产转让行为。
企业以房地产投资、联营并取得被投资企业的股权，其房产的所有权或土地使用权应依法转让到被投资企业中，对投资企业来讲，房产的所有权或土地使用权已发生了转移，其实质就是一种房地产转让行为，投资企业所取得的并不是常规意义上的现金、实物经济利益，而是一种以股权作为表现形式的特殊经济利益。因此，投资企业在办理房屋所有权或土地使用权过户变更手续时，应依法向被投资、联营企业开具或到税务机关代开转让无形资产或销售不动产发票，双方据此依照有关法律法规的规定作相应的财务与税务处理。
2.以房地产投资、联营行为属于应税行为。
企业以房地产投资、联营，在房产所有权或土地使用权变更时应作转让无形资产或销售不动产处理，它不仅是企业所得税的征收范围，而且也属于土地增值税的征收范围，只是国家为了鼓励、支持非房地产企业以房地产投资、联营于非房地产企业，而出台了暂免征收土地增值税的规定。
按照现行财务会计制度和税收法律法规的规定，企业以房地产投资、联营时，应当分解为销售不动产或转让无形资产与对外投资两项事项处理，对于被投资企业来说，其接受投资所取得的房地产，应按投资协议、验资报告、房地产评估报告以及转让房地产发票等作为确认接受投资房地产的成本价值入账。
土地增值税属于环节课税制，即企业每转让一次房产所有权或土地使用权行为，就应依法申报对应环节的土地增值税，本环节土地增值税扣除项目金额的确认，根据土地增值税暂行条例第六条等的规定，都是以取得房地产时所支付的成本、费用等价款和法定的扣除项目作为计算征收土地增值税的扣除项目金额。
根据上述分析，笔者认为，接受投资、联营的房地产再转让，在计算土地增值税扣除项目金额时，应按接受投资、联营时双方协议、合同所确认的房地产金额并取得合法票据作为扣除项目金额，不能因为投资企业因享受了暂不征收土地增值税的税收优惠政策而改变法定的计算征收办法。简言之，上一转让环节企业享受的税收优惠政策没有法律依据要求下一转让环节的企业来弥补和承担。
建议
首先，对接受投资、联营房地产再转让时如何确认土地增值税扣除项目金额，有关部门应进一步作出规定。如果各地自行裁定执行的话，会带来政策执行不一，税负不公平等问题。
其次，非房地产企业以房地产投资、联营于非房地产企业享受暂不征收土地增值税优惠政策，接受投资、联营房地产再转让依法征收土地增值税，这个优惠政策对投资企业来说到底有多大的政策效应暂且不说，但确实容易使纳税人钻政策漏洞，进而进行假投资真避税操作。因此，应改变非房地产企业以房地产投资、联营于非房地产企业享受暂不征收土地增值税的优惠政策，有利于税收征管。
