目前，无论在理论界还是在实务界，对该合同的性质并未形成一致意见。通说主要有四种观点，即民事合同、行政合同、双重性质的合同和经济法合同。下面将对四种通说进行简要的介绍。
(一)民事合同
认为国有土地使用权出让合同是民事合同，主要理由如下：
1.原则：《条例》第十一条，土地使用权出让合同应当按照平等、自愿、有偿的原则，由市、县人民政府土地管理部门与土地使用者签订。平等、自愿、有偿的原则是民事合同的基本原则。这表明出让合同双方应是平等民事主体的关系，而国家在进行土地使用权出让行为时，其法律地位只是一个特殊的民事主体。
2.主体：土地行政主管部门在出让合同法律关系中，只是代表国家作为土地所有人，并不是以土地管理者的身份出现。
3.目的：签订出让合同的最根本的目的是在土地所有权上设定用益物权，使其作为一种特殊的商品进行流通，从而实现土地资源配置的优化和土地效益最大化。
4.法律责任：《条例》第十四条，土地使用者应当在签订土地使用权出让合同后六十日内，支付全部土地使用权出让金。逾期未全部支付的，出让方有权解除合同，并可请求违约赔偿。由此可知，受让方也享有平等的解除权，并可以要求出让方给付违约赔偿，这是民事合同的显著特征。
(二)行政合同
认为国有土地使用权出让合同是行政合同，主要理由如下：
1. 《条例》第一条 规定为了改革城镇国有土地使用制度，合理开发、利用、经营土地，加强土地管理，促进城市建设和经济发展，制定本条例。
土地行政管理部门代表国家出让国有土地、签订国有土地使用权出让合同时，是为了履行其行政职责，贯彻该条例的相关规定。出让合同一方固定为土地行政管理部门，符合行政合同的主体恒定特征。
2.出让合同的内容主要是行政上的权利和义务。通过规定土地使用者未按合同约定进行开发建设，出让方可以采取纠正、罚款、收回土地使用权等行政制裁措施;为公共利益、实施城市规划进行旧城区改建等需要使用土地的，出让方可以依法收回土地使用权等内容体现该合同的行政色彩
3.《条例》第十七条，规定土地使用者应当按照土地使用权出让合同的规定和城市规划的要求，开发、利用、经营土地。未按合同规定的期限和条件开发、利用土地的，市、县人民政府土地管理部门应当予以纠正，并根据情节可以给予警告、罚款直至无偿收回土地使用权的处罚。土地管理部门在合同履行的过程中，享有监督权、处罚权和单方解除权，这都是行政优益权的具体体现，具有明显的行政合同特征。
(三)双重性质说
认为该合同兼具民事合同及行政合同的双重性质。主要理由如下：
1.从现行土地出让实践来看，出让合同兼具民事属性和行政属性双重法律性质。从现行法律法规，《暂行条例》更突出出让合同的民事属性，《城市房地产管理法》则在这方面有所弱化。
2.合同目的
土地管理部门作为国家土地所有权的代表，通过出让合同在土地所有权上设定土地使用权，实现土地所有权的民事目的。同时其作为国家土地资源管理部门，通过出让合同实现土地高效集约、用途管制、土地市场调控等行政目标。
这种双重性质说虽避免了对合同性质判定的争议，但却会给司法实践带来一系列难题。首先导致同案不同判的结果;其次会给法律适用带来困难;再次是影响出让合同价值的实现;最后不利于行政责任和民事责任的区分，也不利于明确规划部门与土地管理部门之间的职责权限。
(四)经济法合同说
持有此观点的学者认为：土地是承包经营、房产建筑的基础。计划经济时代土地为国家和集体所有，其利用效率和层次低造成国有资源的浪费。市场经济要求将土地的使用从传统的束缚中解脱出来，通过出让使用权实现土地的最大利用。
法律一方面要求出让合同应当按照平等、自愿、有偿的原则订立，违反合同义务的一方应当承担相应的责任;另一方面依靠土地管理部门对土地使用权的出让、转让、出租、抵押进行监督。无疑将土地出让合同归入民事、行政都会出现“公法遁入私法”“私法遁入公法”的局面。
合同中政府既需要以平等的身份与个人、组织订立出让合同，又需要以管理者身份扮演监督者的角色。经济法律关系以经济职权和经济职责、经济权利和经济义务为内容，既包含了“平等性”的内容，同时又对“隶属性”内容做出了规定——突破了民法与行政法的局限性。
