一、工程质量不合格或者不合约定的处理
《施工合同司法解释》确立了工程质量高于合同效力原则，施工合同无效但建设工程验收合格或者原验收不合格但修复后验收合格的，发包人应当支付工程款，但修复费用应当由承包人承担。无法修复和修复后仍然不合格的建筑工程，无任何利用价值，只能铲除重建，严重背离发包人缔约目的，让其接受并支付工程款违背公平正义原则。施工合同当事人对建设工程是否合格存在争议的，可以提请工程质量检测机构鉴定，以鉴定结论为准。
修复后仍然不合格的建设工程，合同双方遭受了不同程度的经济损失。发包人投资付之东流，建筑材料变成建筑垃圾，损失包括投资、建材价款、劳务费、设备租赁费、贷款利息、对第三人赔偿金等;承包人劳而无果，损失包括机械设备租赁费、工人工资、垫资等。根据《民法通则》、《合同法》的相关规定，过错方应当赔偿对方由此遭受的损失。
二、质量缺陷的过错责任分担
质量缺陷往往是多因一果，是发包人和承包人混合过错所造成的。承包人是专业施工主体，对工程质量负有高于社会中谨慎理性人的注意义务。承包人明知设计图纸有缺陷，未及时提出而继续施工的;对建筑材料配件怠于检验或者通知而继续使用的;对发包人降低工程质量的要求不予拒绝的，可以确定其存在过错，也应当按照过错程度承担相应责任。
三、擅自使用工程，质量视为合格
竣工验收是发包人依据验收规范、质量标准和合同约定对已经完成的建筑工程检查是否符合设计文件和质量约定的行为。竣工验收是质量控制的必要措施之一，验收合格表明承包人全面履行了合同义务，发包人应当接受工程并且支付工程款。《合同法》、《建筑法》、《建筑工程质量管理条例》均规定：建筑工程竣工经验收后，方可交付使用;未经验收或者验收不合格的，不得交付使用。但是未经验收而擅自使用出现质量问题如何承担责任，缺乏明确规定，《施工合同司法解释》第13条弥补了法律漏洞：“建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用后，又以使用部分质量不符合约定为由主张权利的，不予支持;但是承包人应当在建设工程的合理使用寿命内对地基基础工程和主体结构质量承担民事责任。” 为提前获得投资利益或达到拖欠工程款目的，建筑工程未经验收程序或验收不合格就擅自使用，这意味着发包人认可工程质量，或者自愿承担不合格工程产生的质量责任。转移占用之日是工程竣工日期，从即日起发包人开始承担质量责任风险，应当及时审核承包人送交的结算报告并按时支付工程款。
