(一)保护商标权利人和其他在先权利人的利益
保护注册商标专用权是商标法的立法宗旨，商标局通过实质审查并依据《商标法》第28条、29条规定，驳回在后的商标注册申请。但在先注册商标和申请在先商标的权利人可能对商标局的审查结果存在不同意见，认为经商标局初步审定的在后商标侵犯了自己的权利。商标异议制度的设立为在先商标权利人提出自己的不同意见和保护自己的权利提供了程序保障。商标法还保护其他在先权利如著作权、名称权、姓名权、肖像权、专利权等，在商标审查过程中难以判断申请注册的商标是否侵犯他人在先权利。对于此类纠纷，只能通过商标异议程序加以解决。此外，商标异议制度在保护驰名商标、禁止抢注具有一定影响的商标、禁止代理人或者代表人恶意注册等方面具有重要的作用。
通过对商标注册申请的实质审查，尽量避免使用在相同或者类似商品上的相同或者近似商标的出现，从而使消费者免于混淆。商标审查虽然也是以普通消费者的注意力为标准，但审查中的判断只是一种可能性判断，而非事实上的判断。商标局认为不属于类似的商品或者不近似的商标，在实际经济生活中，消费者可能认为构成类似商品或者近似商标。商标异议制度的设立就是给予消费者以表达自己主张的机会，从而在一定程度上避免商标局核准注册的商标在市场上与其他商标相混淆。因此，商标法对商标异议申请人的资格没有做出限制性规定，即任何人都可以提出异议。
由于商标是使用在商品上的区分商品来源的标志，一经注册和使用必然在社会上产生一定的影响。为了避免因商标对社会公序良俗、社会公共道德等产生不良影响，《商标法》第10条规定，有害于社会主义道德风尚或者有其他不良影响的标志不得作为商标注册使用。但受商标审查员认知水平、知识结构等因素所限，在审查过程中可能出现有不良影响或者违反禁用条款的商标被初步审定并公告。商标异议制度为社会公众反对此类商标注册提供了机会，由商标局做出裁定，撤消对此类商标的初步审定，从而消除不良影响。正是从此种异议上说，商标异议制度的目的之一在于维护社会公共利益和公序良俗。
商标注册的审查制度由于受技术条件，审查员的经验、学识、对商标近似认知程度的差异和其他因素的影响，可能会出现误审、漏审、错审等现象。设立初步审定商标公告制度和商标异议制度，就是将商标审查的情况向社会公布，使行政权力接受社会监督，有助于提高工作质量，不断完善商标注册审查工作；通过公告制度和异议制度，商标局可以广泛提取各方面的意见，及时纠正工作失误或者不当之处，从而提高行政的公信力；异议制度有利于社会公众对商标注册审查工作进行监督，增加工作的透明度，体现为人民服务，为人民利益从善如流。
