1、施工合同是原始的双方签订的施工协议，补充协议是在施工合同基础上进行的修改和补充。
2、如果是招投标的施工合同，根据《招投标法》第四十六条，招标人和中标人在已经订立书面招投标施工合同之后，不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。因此，如果是招投标施工，施工合同补充协议违背了原始施工合同的实质性内容则是无效的。另外，因为施工合同的补充协议是建立在施工合同基础之上的，如果施工合同本身就无效的话，相应的补充协议一般也是无效的。
