施工合同与补充协议的区别如下：
合同与协议是两个既有共同点又有区别的概念，不能只从名称上来区分，而应该根据其实质内容来确定。找法网提醒您，如果协议的内容写得比较明确、具体、详细、齐全，并涉及到违约责任，即使其名称写的是协议，也是合同如果合同的内容写得比较概括、原则、很不具体，也不涉及违约责任，即使其名称写的是合同，也不能称其为合同，而是协议。
合同的特点是明确、详细、具体，并规定有违约责任而协议的特点是没有具体标的、简单、概括、原则，不涉及违约责任。从其区别角度来说，协议是签订合同的基础，合同
施工合同纠纷的解决方式：
1.协商和解，当事人在友好的基础上，通过相互协商解决纠纷，这是最佳的方式。
2.调解，当事人如果不能协商一致，可以要求有关机构调解。
3.仲裁，当事人如果协商不成，不愿调解的，可根据合同中规定的仲裁条款或双方在纠纷发生后达成的仲裁协议向仲裁机构申请仲裁。
4.诉讼，如果合同中没有订立仲裁条款，事后也没有达成仲裁协议，合同当事人可以将合同纠纷起诉到法院，寻求司法解决。
找法网提醒您，施工合同纠纷诉讼时效为三年。我国法律规定，只要法律没有特殊规定的，则发生民事纠纷向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。对于施工合同纠纷我国法律并没有特别规定诉讼时效，所以适用三年的一般诉讼时效。
《民法典》第一百八十八条
向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
