因疫情小区不让进出是否合法应该视情况而定。在疫情期间，当地政府发布了文件的情况下，社区、村居委会可以开展自救工作。
《中华人民共和国突发事件应对法》第五十五条规定，突发事件发生地的居民委员会、村民委员会和其他组织应当按照当地人民政府的决定、命令，进行宣传动员，组织群众开展自救和互救，协助维护社会秩序。
《传染病防治法》第42条规定，行政机关有权作出该小区封闭管理的决定。此时行政机关做出小区封闭管理决定并不构成对公民行动自由权的侵害。
