非法行医罪的管辖法院是看犯罪嫌疑人行为发生地在哪，一般是由犯罪地的法院管辖的，如果是有多个犯罪地的话，就由最先立案的所在地法院管辖，如果管辖法院无法确定的话，就由上级法院指定法院管辖。
《公安机关办理刑事案件程序规定(2012修订)》第十五条刑事案件由犯罪地的公安机关管辖。如果由犯罪嫌疑人居住地的公安机关管辖更为适宜的，可以由犯罪嫌疑人居住地的公安机关管辖。犯罪地包括犯罪行为发生地和犯罪结果发生地。犯罪行为发生地，包括犯罪行为的实施地以及预备地、开始地、途经地、结束地等与犯罪行为有关的地点；犯罪行为有连续、持续或者继续状态的，犯罪行为连续、持续或者继续实施的地方都属于犯罪行为发生地。犯罪结果发生地，包括犯罪对象被侵害地、犯罪所得的实际取得地、藏匿地、转移地、使用地、销售地。居住地包括户籍所在地、经常居住地。经常居住地是指公民离开户籍所在地最后连续居住一年以上的地方。
