申请撤销裁决与申请不予执行裁决是当事人寻求司法援助、维护自身合法权益的两项措施。它们的主要区别是；
一、不予执行裁决制度，主要是对仲裁败方权益的一种补救。例如当胜诉方向法院申请执行仲裁裁决时，败诉方可以提出证据证明裁决具有法律规定的情形之一，请求法院裁定不予执行。而申请撤销裁决，主要是保护仲裁胜方的权益。例如当事人应当获得一百万元的索赔，仲裁庭仅裁决赔偿十万元，如果仲裁程序有缺陷，当事人无法申请不予执行裁决，而可以通过申请撤销裁决以获得补救。
二、在涉外仲裁中，不予执行制度对败诉方的保护从某种意义上说是不彻底的。因为当一国法院裁定不予执行仲裁裁决时，该裁定在该国不能执行，但裁决仍然有效，在另一国家可能予以执行。败诉方则必须在有关国家的法院一一请求不予执行，这样做显然对败诉方不利。但设立申请撤销裁决程序后，只要该裁决被依法撤销，在其他国家的法院均不可能予以执行。
三、《民事诉讼法》规定的六种不予执行情形与《仲裁法》第58条规定的应当撤销仲裁裁决的情形基本相同，有所不同的是不予执行的情形包括裁决适用法律错误的情况，而撤销裁决的情形则出自程序上的理由。
四、人民法院对不予执行仲裁裁决的审查比较全面，不仅可以审查仲裁程序是否合法，还可以审查仲裁裁决在认定事实和适用法律上是否有错误，体现了人民法院在执行程序上对仲裁裁决的司法监督的广泛性。
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