1、施工合同的效力问题；
2、合同无效是否应进行结算；
3、备案合同和“补充协议”即黑白合同不一致，在结算时应采纳哪一份合同作为结算的依据问题；
4、对于建设部推荐施工合同版本通用条款中涉及的发包方逾期不结算是否视为认可送审价的问题；
5、工程款结算采取何种标准的问题；
6、诉讼中，造价司法鉴定(司法审价)的范围；
7、关于工程质量、工期、农民工利益等问题。
在最高人民法院的《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》(以下简称“司法解释”)出台前，这些争议问题，往往不同地区不同法院作出了不一样的认定。随着司法解释及相关批复的出台，在实践中统一了大家的认识，有不同意见的，也只能叫学理解释或“一家之说”，作为目前实务还应当遵循司法解释的规定才行。
1、承包人未取得建筑施工单位资质或者超越资质等级；
建筑施工领域实行严格的资质准入制度，《建筑法》规定了施工企业实行资质强制管理。建设工程质量就是生命，施工企业的施工能力是保证质量的前提，对施工企业的资质管理与审察，是施工建设的基础，无资质和超越资质的企业签订的合同属无效合同。但是，承包人在工程竣工前取得相应资质等级的，不能作为无效合同处理。
2、没有资质或没有相应资质的实际施工人借用有资质的建筑施工单位名义的，通常说的“挂靠”；
由于国家基础建设的大规模上马，城镇化步伐的加快，投融资渠道不畅，建设工程高利润回报加之管理存在很多不足，“挂靠”这一特殊形式就随着建筑业空前繁荣的市场应时而生。不具有法定资质的民营企业和实际投资人借用具有相应资质企业名义承揽工程的情况普遍存在，曾有意见认为将此种情况不应认定为无效，主要理由就是不利于民营企业的发展和不利于推动经济建设的快速发展；司法解释最终否定了这种意见。将此情形作无效规定，维护了法律的价值，规范了建筑业市场，使建设工程质量有了保障基础，也推动了建筑业健康有序的发展。当然，司法解释没有对哪种情形属“借用资质”予以明确，将此认定交给了法官。实务中一般有这么几个标准：第一，转让、出借企业资质证书的；第二，以其他方式允许他人以本企业名义承揽工程的；第三，项目负责人、技术负责人、项目质量管理人员、安全管理人员等均非承包人本单位人员。工程承包中存在三种情况之一或同时存在的，可以认定为挂靠，签订的施工合同属无效合同。
3、必须招标的未进行招投标或中标无效；
《招标投标法》第三条对工程必须进行招标的范围进行了规定，详细的规定在《工程建设项目招标范围和规模标准规定》中。凡属规定在招标范围的工程未进行招投标的，签订的施工合同无效。实践中容易出现的问题：一、必须招标的项目，总包土建与安装工程以招标方式，而附属工程如装饰工程由建设单位直接发包，那么，该直接发包的合同也属无效合同；二、必须招标的项目，总包中标后，建设单位基于各种情况将总包工程中的部分工程直接指定给第三方施工，建设单位与第三方签订的施工合同也属无效。《招标投标法》第五十、五十二、五十三、五十四、五十五、五十七条规定了中标无效的六种情形。该法第四十五条第二款规定，中标通知对招标人和投标人具有法律约束力。中标是发包人与承包人签订施工合同的前提条件，中标无效必然导致施工合同无效。
4、违法分包；
施工总包单位进行项目分包很常见，但违反规定的分包也可导致分包合同无效。如何认定违法分包，其标准就是《建设工程质量管理条例》第七十八条规定的几种情形：
一、总包单位将工程分包给不具备相应资质的单位或个人的属违法分包；
二、总包合同中未约定，又未经建设单位认可，总包单位将部分工程交其它单位完成的；
三、总包单位将工程主体结构的施工分包的；
四、分包单位进行再分包的。这几类均属违法分包。
5、转包。
《建筑法》第二十八条都明确规定禁止转包工程项目，《建设工程质量管理条例》第二十五条规定了不得转包工程，该条例第七十八条规定了转包是指承包单位承包建设工程后，不履行合同约定的责任和义务，将其承包的全部建设工程转给他人或将其承包的全部建设工程肢解以后以分包的名义分别转给其他单位承包的行为。建设部124号令《房屋建筑和市政基础设施工程施工分包管理办法》第十三条有同样的规定。需要注意，具有劳务作业法定资质的劳务承包人与总包方、分包人签订的劳务分包合同，当事人不能以转包违反法律规定为由请求合同无效。
工程款结算的原则：
1、按合同约定的计价标准或计价方法结算。尊重合同当事人的约定，充分体现了合同法中的意思自治原则。因工程量或质量标准发生变化，当事人对该部分工程价款不能协商一致的，可以参照签订合同时当地建设主管行政部门发布的计价标准或计价方法结算，但施工合同有效而工程竣工验收不合格的，若经修复
仍竣工验收不合格的，承包人请求支付工程款，法院不予支持。
2、施工合同无效，工程竣工验收合格，仍可以参照合同约定结算。
实践中，合同约定涉及的原则：
1、价格标准，约定采用定额，还是清单方法；
2、工程量核定及调整的约定，特别是各种变更情况下的工程量调整原则；
3、关于签证的原则，怎样才是有效的签证，其形式和内容的要件的约定，以及有效授权的要件，约定明确的管理流程。
工程结算争议诉讼到法院，往往涉及到造价司法鉴定及司法审价。最高院《人民法院司法鉴定工作暂行规定》将司法鉴定界定为：在诉讼过程中为查明案件事实，人民法院依据职权，或者应当事人及其他诉讼参与人的申请，指派或者委托具有专门知识的人，对专门性问题进行检验、鉴别和评定的活动。
造价司法鉴定形成的鉴定意见或结论，一般成为法官采纳的证据，所以鉴定与判决密切相关，那么，进入诉讼后是否一律全部涉案工程拿去搞造价鉴定，这也要根据具体情况来分析确定。基本原则是对“争议事实”进行鉴定，即对应付工程价款数额存在争议的案件事实进行鉴定。若合同约定的不是固定总价，又对全部工程的计价、签证、核定工程量等均有争议，则应对全部工程进行司法审价，若只对工程某项或某些签证、索赔等有争议，则是对这一部分进行司法审价。若结算纠纷同时还存在工程质量问题，或者一些隐蔽工程已完工而存在质量缺陷，这种涉及质量缺陷的工程往往已不具备鉴定的条件，法官应当查清事实，如认定存在质量缺陷，则可以通过减少该部分工程款或者由施工方承担合理的修复费用的方式处理，不宜再委托鉴定。
实践中，要注意几个问题：
1、合同约定了固定价格。其中又分为固定总价和固定单价，若明确约定了固定总价，则不予进行造价司法鉴定；若只约定了固定单价，而工程量约定据实结算，则应进行审价。
2、约定了固定总价，但是施工中出现的变更、签证、索赔，这些涉及的价款没有确定，也应进行审价。
3、若只对部分工程结算有争议，其他无争议，则只应对争议工程进行审价。
4、合同解除或无效，已完工程质量合格的，也可按照合同约定审价。
只对争议事实进行鉴定，其目的在于降低诉讼成本，缩短诉讼时间，有利于保护当事人的利益，避免造成讼累。
建设工程质量达标合格是施工的核心，不合格工程不能交付使用。承包人应当在建设工程的合理使用寿命内对地基基础工程和主体结构质量承担民事责任。建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用后，又以使用部分质量不符合约定为由主张权利的，法院不予支持。对有质量缺陷的工程，一般应由施工方承担修复、重做、更换等责任。但是，若发包人有过错的也应当承担相应的过错责任。
司法解释对发包人的过错情形予以了明确：
1、提供的设计有缺陷；
2、提供或者指定购买的建筑材料、建筑构件、设备不符合强制性标准；
3、直接指定分包人分包专业工程造成的质量缺陷。
施工合同纠纷中还有一个敏感的话题：工期。工期就是工程施工的期限。这个期限涉及到三个时间点：开工日期、完工日期、竣工验收日期。工期在施工合同中进行了约定，在示范合同文本中也同时有工期顺延、工期延误的相关条款。发包人常用来抗辩承包人请求支付工程进度款或结算的一个主要理由就是承包人承担工期延误违约金，要主张工期违约金就涉及到举证问题，一个是实际开工时间的认定；另一个是竣工时间的认定。若有开工会议纪要、开工通知明确了开工时间则可以此举证；没有这些证据则可依据开工报告记载时间来作为开工时间；若这些均没有，一般可以合同记载时间举证。
关于竣工时间的认定，司法解释做出了规定：
1、经竣工验收合格的，以竣工验收合格之日为竣工日期；
2、承包人已经提交竣工验收报告，发包人拖延验收的，以承包人提交竣工验收报告之日为竣工日期；
3、未经竣工验收，发包人擅自使用的，以转移工程占有之日为竣工日期。前面说的承包人的原因导致的工期延误，而施工中往往由于发包人原因导致工期延误，由此产生工期顺延及索赔事项。要主张工期顺延及索赔，承包人需举证，即需要在施工过程中留存相应的资料、文件，这对施工管理是否规范、是否有完善的制度是一个考验。
建设工程施工中存在大量的农民工，近年来，政府对维护农民工利益颁布了很多政策 ，司法解释也对涉及农民工利益问题作出了回应。
需要注意：
1、实际施工人可以起诉发包人。 建筑市场转包、违法分包现象很多，实际施工人与发包人没有直接的合同关系，而签订合同的承包人往往收取了一定的管理费后，不去进行结算或者不积极主张权利，实际施工人无法从发包人处取得工程款，也就连锁影响到农名工的工资报酬无法及时足额取得，所以，规定可以直接向发包人主张权利，有利于维护农民工利益。但发包人只在欠付工程款范围内对实际施工人承担责任。
2、诉讼中，实际施工人可以直接起诉转包人、违法分包人；在直接起诉发包人时，法院为了查清案件事实，可以根据具体情况，追加转包人、违法分包人为共同被告或第三人参加诉讼。
以上就是找法网小编整理的关于建设工程施工合同纠纷涉及的几个常见问题的相关法律知识。建设施工合同一般是由发包人与承包人签订的，这属于建设工程的主要合同，同时也是工程建设质量控制、进度控制、投资控制的主要依据。依照施工合同，施工单位应完成建设单位交给的施工任务，建设单位应按照规定提供必要条件并支付工程价款。如果还有疑问，可以咨询找法网的律师。
