合同纠纷仲裁程序有以下三个步骤：
1、申请和受理
（1）申请，是指一方当事人根据合同仲裁条款或事后达成的仲裁协议，将发生的争议依法请求仲裁委员会进行仲裁的行为。提起仲裁申请是当事人为获得仲裁、解决纠纷的一种请求，是保护自身合法权益的一种手段，也是仲裁机构行使仲裁权的前提。只有当事人提起仲裁申请，仲裁委员会才能受理案件。
（2）受理，是指仲裁机构对当事人的申请进行审查后，认为符合受理条件，决定立案进行仲裁的程序。受理是仲裁程序的开始，是仲裁机构开始行使管辖权的标志。
2、仲裁庭的组成。
仲裁机构仲裁案件，不是仲裁委员会直接仲裁，而是通过一定的组织实现的，这个组织称为仲裁庭。根据仲裁法的规定，仲裁庭组成有两种组织形式：（1）独任仲裁庭，即由一名仲裁员组成的仲裁庭。（2）合议仲裁庭，即由三名仲裁员组成的仲裁庭。仲裁庭的组织形式由当事人约定，仲裁员由当事人选定或委托仲裁委员会主任指定。
3、开庭和裁决。
（1）开庭是仲裁庭在双方当事人和其他仲裁参与人参加下，对仲裁请求进行实体审理和裁决的活动。开庭是仲裁活动的实质阶段。其目的是查清事实、分清是非、正确适用法律、确认当事人之间的权利义务关系。
（2）裁决是指仲裁庭在实体上对当事人权利义务作出裁断。裁决是仲裁审理的最终程序，一经作出即发生法律效力。
