首先，鉴于我国各地土地和房地产管理体制差别很大、有多种管理模式，法律规定以城市房地产或者乡(镇)、村企业的厂房等建筑物抵押的，其登记机关由县级以上人民政府规定。由于抵押权是从所有权这一物权上设定的他项权利——担保物权，即限制物权，其主要作用在于限制抵押人对抵押房地产的处分权利，未经抵押权人同意，抵押物不得进行转让、出租等处分，以避免担保悬空，所以登记机关只能从不动产的交易权属登记机关中指定，不能委托其他部门。
其次，《城市房地产管理法》对房地产转让或者变更规定了法定程序，即先申请房产变更登记，凭变更后的房屋所有权证书，申请土地使用权变更登记。为了简化程序，方便当事人申办，同时也为了保证抵押登记的安全性，部分地方规定，以房、地合一的房地产抵押的，房地产管理部门为抵押登记机关；以地上无定着物的出让土地使用权抵押的，由核发土地使用权证书的土地管理部门办理抵押登记。
《城市房地产管理法》第六十二条
房地产抵押时，应当向县级以上地方人民政府规定的部门办理抵押登记。 因处分抵押房地产而取得土地使用权和房屋所有权的，应当依照本章规定办理过户登记。
第六十三条
经省、自治区、直辖市人民政府确定，县级以上地方人民政府由一个部门统一负责房产管理和土地管理工作的，可以制作、颁发统一的房地产权证书，依照本法第六十一条的规定，将房屋的所有权和该房屋占用范围内的土地使用权的确认和变更，分别载入房地产权证书。
