十七届三中全会通过的《中共中央关于推进农村改革发展若干重大问题的决定》，明确提出要“逐步建立城乡统一的建设用地市场，对依法取得的农村集体经营性建设用地必须通过统一有形的土地市场，以公开规范的方式转让土地使用权，在符合规划的前提下，与国有土地享有平等的权益。”这无疑是为农村集体建设用地流转提供了政策保障。流转过程的收益分配，对规范流转管理具有决定性的作用，应当在流转制度建立以前充分考虑，以确保集体建设用地的流转规范运行。
收益分配的参与者
集体建设用地使用权流转产生的收益包括转让收益和土地增值收益。这笔收益如何分配，是集体土地使用权流转制度建设中的核心问题。
在现行土地制度下，集体建设用地使用权与所有权一般都处于分离状态，土地使用权的享有者通常是土地使用者。因此，能够作为集体建设用地使用权流转主体的应该是土地使用权人和意向土地使用者。土地所有者(农民集体)在其土地所有权与使用权分离之后，并未丧失土地所有权，也当然享有土地转让收益分配的参与权，并据此获得应得收益。
同时，由土地的自然属性所决定，土地增值收益的形成，主要是社会经济发展和周边环境改善的结果，应以税的形式归属于全体社会成员。就此而言，国家也应成为土地流转收益分配的参与者。因此，在集体土地使用权流转中，土地收益分配关系的主体，应是土地所有者、使用者和国家。
收益分配的主导
各级政府不能成为集体土地流转收益分配的主导。
首先，土地使用权流转是一种交易行为，参与这种交易关系的主体只能是土地的权利人，地方政府既不是土地的所有者又非土地的使用者，没有理由成为集体土地流转收益分配的主导。即使政府作为投资者使土地增了值，也是由职责决定的，而不应成为主导土地使用权流转收益分配的理由。否则，就会将两种性质完全不同的关系混淆在一起，使集体土地使用权流转变为地方政府获取土地收益的途径和源泉。实质上是对集体土地权利人合法权益的剥夺或侵占。
其次，各级政府主导集体土地使用权流转收益的分配，很可能导致土地供给失控并扰乱正常的市场秩序。目前集体土地使用权流转基本上是基层政府在操纵的。在这种土地使用权流转中，政府所处的地位和所扮演的角色就决定了政府既是集体土地使用权流转的主导者，又是土地使用权流转的受益者，流转的土地越多，其收益越大。经济利益会驱使地方政府以土地使用权流转为借口，将农用地转为非农建设用地，其后果将是耕地保护制度难以落实到位。[page]
再次，政府作为土地流转收益分配主体，参与土地流转收益分配，不仅侵害了土地权利人的合法权益，还会影响集体土地资源市场配置机制的形成，最终影响集体土地使用制度改革目标的实现。也就是说，如果集体土地所有者与使用者的利益得不到保护和体现，那么，他们就会私下交易或者拒绝交易，规范集体建设用地流转市场就难以实现。
土地所有权人也不能成为流转收益分配的主导。
首先，将集体土地所有者作为建设用地使用权流转主体，无疑扩大了流转主体的范围，客观上为违法占用集体土地的行为提供了依据和条件，很可能导致集体土地进入市场的失控，其结果会比国有土地使用权出让更难以控制。
其次，目前我国集体土地所有权主体是抽象的、法律上的权利主体，由其作为土地使用权流转的主体，客观上难以操作，只能由村委会或集体经济组织代为流转行为。在目前对土地经营管理者缺乏必要监督机制的情况下，土地所有者在土地使用权流转中享有的权益缺乏必要的保证。农村集体经营性建设用地，因已有明确的土地使用者，土地所有权人不可能在流转过程中作为流转的主体参与全过程，只能因自身权利的存在获得流转的部分收益，而不可能是收益的主导者，否则现有土地使用权人的利益必然会受到侵犯和损害。使用权人为了保护自己的利益，将会采取各种措施，对所有权人的知情参与流转过程进行阻挠，这就失去了流转的公开性，土地所有权人的利益将更加得不到保障。
第三，虽然集体建设用地的所有者是农民集体，但在我国现行土地制度下，集体建设用地使用权的取得和变更，从来就不是由土地所有者来决定的。由集体土地所有者作为建设用地使用权流转的主体，实际上是为某些地方政府或其派出的公司控制和操作土地流转创造条件。事实证明，这种“流转”多数是在基层政府的操作下进行的，其到底在多大程度上体现了土地所有权人的意志，又在哪些方面促进了土地的合理利用，以及是否按市场规则进行，都难以考察和监督。
从以上分析可以看出，集体建设用地使用者将土地使用权让渡给他人，客观上为提高土地使用效率创造了条件，同时也从中获得了土地收益，才真正应当是转让收益分配的主导。
解决问题的对策
首先，集体建设用地流转通过市场运行，要以原使用权人为主体进行。从申请到签订合同，原使用权人必须作为一方代表，与新的受让人进行土地使用权的交易，并获得应得的收益。
其次，市场的监管主体，各级政府的土地管理部门，对流转过程要全程监督，规范管理，应当在交易过程中按一定比例收缴交易税款，而不应当涉及行政收费，税款就是政府最终的收益分配，主要用于市场建设。[page]
此外，土地所有者，应当在交易过程中派代表全程参与，并获得体现所有权的部分收益分配。
市场的监管主体，各级政府的土地管理部门，对流转过程要全程监督，规范管理，应当在交易过程中按一定比例收缴交易税款，而不应当涉及行政收费，税款就是政府最终的收益分配，主要用于市场建设
