非法占用农用地罪的立案标准主要依据最高人民检察院、公安部《关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定(一)》来确定。
1.具体来说，当涉嫌非法占用基本农田五亩以上或者基本农田以外的耕地十亩以上；
2.非法占用防护林地或特种用途林地数量单种或合计五亩以上；
3.非法占用其他林地十亩以上；
4.或者非法占用上述林地中任一项数量达到相应规定数量标准的百分之五十以上且两项数量合计达到该项规定的数量标准时，均应立案追诉；
5.非法占用其他农用地数量较大的情形也需立案追诉。
根据《关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定(一)》的规定，非法占用农用地罪的立案标准涵盖了多种情形。
1.对于非法占用基本农田，即使面积达到五亩以上也应立案追诉；
2.对于基本农田以外的耕地，非法占用十亩以上同样需要立案；
3.防护林地或特种用途林地的非法占用，无论单种还是合计达到五亩以上，也应立案；
4.非法占用其他林地十亩以上，或者占用上述林地中任一项数量达到相应规定数量标准的百分之五十以上且两项数量合计达到该项规定的数量标准时，也需立案追诉。
这些标准确保了对于非法占用农用地的行为能够得到及时、有效的法律制裁。
合法占用农用地的程序主要依据《土地管理法》第62条的规定。
1.农村村民住宅用地需经乡(镇)人民政府审核，并由县级人民政府批准。若涉及占用农用地，还需由省、自治区、直辖市人民政府批准。
2.任何违反该程序私自占用数量较大耕地的行为，均可能构成非法占用农用地罪的主体。
因此，在占用农用地时，必须严格按照法律规定的程序进行申请和批准，以确保合法合规。
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