是的，房屋面积补差款适用诉讼时效的限制。依据我国相关法律的规定，当房屋面积存在差价时，权利人主张权利的诉讼时效为三年。
这意味着，从权利人知道或应当知道权利受到损害以及义务人之日起，必须在三年内提起诉讼，否则可能面临诉讼时效过期的风险。
根据《民法典》第一百八十八条的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。这一规定明确了普通诉讼时效的期限为三年。
同时，法律还规定，诉讼时效期间自权利人知道或应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。
但是，请注意，如果自权利受到损害之日起超过二十年，人民法院将不予保护，除非存在特殊情况，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
虽然普通诉讼时效期间为三年，但《民法典》还规定了一个最长权利保护期间。根据该规定，如果自权利受到损害之日起超过二十年，人民法院将不再保护该权利。
这意味着，如果权利人在二十年内未能提起诉讼，将失去法律保护的机会。然而，如果存在特殊情况，人民法院可以根据权利人的申请决定延长这一期限。
这一规定确保了权利的及时行使和司法公正的实现。
在处理房屋面积补差款等民事纠纷时，权利人应当注意诉讼时效的限制。根据《民法典》的规定，诉讼时效期间为三年，但最长不超过二十年。
因此，权利人应当及时行使权利，避免诉讼时效过期而失去法律保护的机会。
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