保健食品许可证办理流程如下：
1.到当地工商部门申请名称预先核准通知书，也就是确定店名；
2.到当地县区级的食品药品监督管理局申请保健品经营许可证；
3.取得保健品经营许可证之后继续在工商部门办理个体工商户营业执照；
4.取得营业执照30天内到当地的地税、国税部门申请税务登记证。
找法网提醒您，保健食品经营许可证的申请材料：
1.保健食品经营许可证申请表。
2.申请人的身份证、营业执照或其他主体资格证明文件的复印件。
3.经营场所的地理位置图和内部布局图，以及设备、设施的清单。
4.食品安全管理人员的身份证明和相关资质证明材料。
5.保证食品安全的规章制度和其他必要的文件。
6.其他需要提交的材料，如健康证明等。
1.具有与经营的食品品种、数量相适应的食品原料处理和食品加工、包装、贮存等场所，保持该场所环境整洁，并与有毒、有害场所以及其他污染源保持规定的距离；
2.具有与经营的食品品种、数量相适应的设备或者设施，有相应的消毒、更衣、盥洗、采光、照明、通风、防腐、防尘、防蝇、防鼠、防虫、洗涤以及处理废水、存放垃圾和废弃物的设备或者设施；
3.有食品安全专业技术人员、管理人员和保证食品安全的规章制度；
4.具有合理的设备布局和工艺流程，防止待加工食品与直接入口食品、原料与成品交叉污染，避免食品接触有毒物、不洁物；
5.法律、法规规定的其他条件。
