合伙纠纷账目不清处理方式如下：
合伙帐目不清，在有部分财产和账目清楚地情况下，法院会就明确的部分先行判决；
在共同共有关系终止时，对共有财产的分割，有协议的，按协议处理；没有协议的，应当根据等分原则处理，并且考虑共有人对共有财产的贡献大小，适当照顾共有人生产、生活的实际需要等情况。
找法网提醒您，合伙账目不清法院判决需要以下材料：
1.原告主体资格的材料，包括居民身份证、户口本、护照、港澳同胞回乡证复印件；
2.企业单位作为塬告的应提交营业执照、商业登记证明等材料的复印件；
3.证明原告诉讼主张的证据。
《民事诉讼法》第一百二十二条起诉必须符合下列条件：
（一）原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织；
（二）有明确的被告；
（三）有具体的诉讼请求和事实、理由；
（四）属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。
合伙账目不清的诉讼费一般由败诉方负担，胜诉方自愿承担的除外。部分胜诉、部分败诉的，人民法院根据案件的具体情况决定当事人各自负担的诉讼费用数额。
根据《诉讼费用交纳办法》第二十九条诉讼费用由败诉方负担，胜诉方自愿承担的除外。
部分胜诉、部分败诉的，人民法院根据案件的具体情况决定当事人各自负担的诉讼费用数额。
共同诉讼当事人败诉的，人民法院根据其对诉讼标的的利害关系，决定当事人各自负担的诉讼费用数额。
