合伙纠纷账目不清处理立案的方法是：
1.协商解决。首先尝试与合伙人协商解决，如果协商不成，可以继续以下步骤。
2.准备起诉材料。准备起诉状，包括对方的基本登记信息（名称、地址、法定代表人等），以及所有对你有利的证据及复印件。
3.向法院提起诉讼。携带上述材料到法院立案庭立案。
4.法院审查。法院会对案件进行形式审查，主要看是否满足起诉条件，包括原告与案件有直接利害关系、有明确的被告、有具体的诉讼请求和事实理由等。
5.法院审理。如果法院认为案件符合受理条件，会进行进一步审理。在审理过程中，如果合伙账目混乱，法院可能会指定清算组进行清算，或者委托审计部门对合伙账目进行审计。
找法网提醒您，合伙账目不清法院立案需要以下材料：
1.原告主体资格的材料，包括居民身份证、户口本、护照、港澳同胞回乡证复印件；
2.企业单位作为塬告的应提交营业执照、商业登记证明等材料的复印件；
3.证明原告诉讼主张的证据。
《民事诉讼法》第一百二十二条起诉必须符合下列条件：
（一）原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织；
（二）有明确的被告；
（三）有具体的诉讼请求和事实、理由；
（四）属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。
合伙纠纷账目不清立案后在3个月或6个月内判决。
《民事诉讼法》第一百五十二条
人民法院适用普通程序审理的案件，应当在立案之日起六个月内审结。有特殊情况需要延长的，经本院院长批准，可以延长六个月；还需要延长的，报请上级人民法院批准。
第一百六十四条
人民法院适用简易程序审理案件，应当在立案之日起三个月内审结。有特殊情况需要延长的，经本院院长批准，可以延长一个月。
