机动车驾驶员违章扣分扣的是车主还是驾驶员要看情况，具体如下：
1.如果是电子眼拍摄的违章，是记到车辆上的，一般是扣车主的；
2.如果是现场交警查的违章，这种情况下违章惩罚措施会记到驾驶人身上。
找法网提醒您，车辆违章扣分的处理流程如下：
1.携带身份证、驾驶证和行驶证，到违章处理大厅办理；
2.打印处罚决定书；
3.拿着处罚决定书到指定的银行交罚款。当事人到期不缴纳罚款的，每日按罚款数额的百分之三加处罚款，加处罚款总额不得超出罚款数额。
《中华人民共和国道路交通安全法》第一百零八条
当事人应当自收到罚款的行政处罚决定书之日起十五日内，到指定的银行缴纳罚款。
对行人、乘车人和非机动车驾驶人的罚款，当事人无异议的，可以当场予以收缴罚款。
罚款应当开具省、自治区、直辖市财政部门统一制发的罚款收据；不出具财政部门统一制发的罚款收据的，当事人有权拒绝缴纳罚款。
车辆违章扣分不服的处理方式如下：
1.可以向交通管理行政部门申请行政复议；
2.可以向处罚机构所在地的人民法院提起行政诉讼，在申诉通过后可以取消该违章记录。
《道路交通安全违法行为处理程序规定》第六十七条
当事人对公安机关交通管理部门采取的行政强制措施或者作出的行政处罚决定不服的，可以依法申请行政复议或者提起行政诉讼。
