保健食品许可证办理流程如下：
1.到当地工商部门申请《名称预先核准通知书》；
2.到当地县区级的食品药品监督管理局申请《保健品经营许可证》；
3.取得《保健品经营许可证》之后继续在工商部门办理《个体工商户营业执照》；
4.取得营业执照30天内到当地的地税、国税部门申请《税务登记证》。
找法网提醒，保健食品标签和说明书必须符合国家有关标准和要求，并标明下列内容：
1.保健功能和适宜人群；
2.食用方法和服用量；
3.贮藏方法；
4.功效成分的名称及含量。
5.保健食品批准文号；
6.保健食品标志；
7.有关标准或要求所规定的其它标签内容。
保健食品注册证书有效期为5年，并载明产品名称、注册人名称和地址、注册号、颁发日期及有效期、保健功能、功效成分或者标志性成分及含量、产品规格、保质期、适宜人群、不适宜人群、注意事项，以及保健食品注册证书附件应当载明产品标签、说明书主要内容和产品技术要求等。
