农村宅基地纠纷应该先到乡镇人民政府或县级国土资源部门进行处理，对处理的决定不服经过行政复议后，方可行政诉讼，应到县级人民法院。
1.若是宅基地权属清楚、可以直接向宅基地所在地的县级人民法院提起诉讼。
2.我国的农村宅基由村上批，乡里备案，如果宅基地发生纠纷由乡级、县级经管站负责仲裁。
3.对仲裁不服的可以向基层人民法院提起民事诉讼。
找法网提醒您，宅基地纠纷一般不适用诉讼时效的规定。
《土地管理法》第十四条
土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。
单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。
当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。
在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。
1.土地管理部门违法审批引起的宅基地纠纷;
2.未经土地管理部门审批或者采取欺骗手段骗取建房手续用地建房，侵犯了集体或相邻关系人利益引发的纠纷;
3.争占宅基地以外的集体空闲地引发的纠纷;
4.建房户私下调换宅基地引发的纠纷;
5.用地建房影响相邻关系人利益引发的纠纷;
6.未经共同使用人同意，部分共用人擅自使用共用的宅基地而引发的纠纷;
7.未经有关部门确权和统一规划的宅基地因界址不明引起的纠纷。
