土地使用权被别人侵权的处理是：可以请求当地市、县人民政府土地管理部门让侵害人停止侵害、恢复土地原状、再或者是赔偿损失;不过也可以到有管辖权限的人民法院进行起诉处理。总之根据个人的情况来选择解决问题的办法。
他人非法侵占土地使用权人所使用的土地，是对土地使用权人的占有使用权的侵害。当土地使用权受到侵犯时，土地使用权人有权依法采取措施保护其权利，土地使用权人也可以到法院起诉，请求保护对依法取得的土地使用权所占用范围内的土地享有占有使用权。
土地使用权被别人侵权的诉讼时效是三年。但是法律另有规定的除外，如请求停止侵害、排除妨碍、消除危险的请求权不适用诉讼时效。诉讼时效自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律对于土地侵权行为设定了三年的行使期限，三年内不行使的，权利消灭。
《中华人民共和国民法典》第一百八十八条
【普通诉讼时效、最长权利保护期间】向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
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