员工被隔离不算作旷工。新型冠状病毒感染的肺炎患者、疑似病人、密切接触者如果在按照规定实施隔离的，企业需要支付其在此期间的工作报酬，并且不能裁员或者无过错性辞退的方式与其解除劳动合同。
旷工的情况有以下五种：
1.未履行请假手续而擅自离开工作岗位的；
2.请假未获批准擅自离开工作岗位的；
3.请假期满，不续假而逾期不归的；
4.续假未获批准而逾期不归的；
5.不服从工作安排，不按时到安排的工作岗位工作的。
旷工三天可能面临公司规章的罚款处罚，对公司造成损失的公司有权要求赔偿；旷工两天导致实际情况严重违反单位规章制度的，公司有权解除劳动合同。员工无违法违规行为，员工与公司协商一致办理离职手续的，公司应该全额支付工资。
一般无故旷工3天就可以办离职。
找法网提醒您，《中华人民共和国劳动合同法》第五十条规定，用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。
劳动者应当按照双方约定，办理工作交接。
用人单位依照本法有关规定应当向劳动者支付经济补偿的，在办结工作交接时支付。
用人单位对已经解除或者终止的劳动合同的文本，至少保存二年备查。
