对工程结算单的印章有异议的处理：施工方可以依法向法院起诉。法律规定，工程结算单在法律上属于双方对工程结算的确认，委托方应该按照工程结算单上所列的结算结果和工程施工合同的约定支付工程款。委托方不按照工程结算单上所列的结算结果和工程施工合同的约定支付工程款的，施工方可以依法向法院起诉。
找法网提醒您，工程竣工结算方式有四种类型，具体如下：
1.预算结算方式：方式是把经过审定确认的施工图预算作为竣工结算的依据，在施工过程中发生的而施工预算中未包括的项目和费用，经建设单位驻现场工程师签证，和原预算一起在工程结算时进行调整。
2.承包总价结算方式：这种方式的工程承包合同为总价承包合同。工程竣工后，暂扣合同价的２％～５％作为维修金，其余工程价款一次结清，在施工过程中所发生的材料代用、主要材料价差、工程量的变化等。
3.平方米造价包干方式：承发包双方根据一定的工程资料，经协商签订每平方米造价指标的合同，结算时按实际完成的建筑面积汇总结算价款。此方法手续较简便，但适用范围具有一定的局限性。
4.工程量清单结算方式：采用清单招标时，中标人填报的清单分项工程单价是承包合同的组成部分，结算时按实际完成的工程量，以合同中的工程单价为依据计算结算价款。
工程竣工结算要注意的事项包括如下：
1.工程竣工结算应严格执行合同及补充条款和招标文件的规定，对于固定价格，结算不得调整。
2.工程量差、设计变更、设计变更和委托谈判应当按照施工合同的有关规定执行。
3.甲方供应材料的领用，由工程部根据分部分项工程的施工图纸进行审批，使用项目、材料规格、数量由材料设备部根据批准的申请计划进行审核发放，并建立台账。超过计划的接收方，物资装备部通知计划部门按合同约定从结算价格中扣除。
4.工程竣工结算应在扣除全部工程预付款并结清合同规定的全部预留资金后进行。
5.工程的最终付款应在结算时一次性支付。
