政府部门可以依法拆迁抵押房，但抵押房被拆迁后，抵押权人就拆迁补偿款享有优先受偿权，债务清偿期限未满的，可以提存拆迁补偿。
《民法典》第三百九十条
担保期间，担保财产毁损、灭失或者被征收等，担保物权人可以就获得的保险金、赔偿金或者补偿金等优先受偿。被担保债权的履行期限未届满的，也可以提存该保险金、赔偿金或者补偿金等。
征地拆迁矛盾纠纷的处理对策有：当事人可以先到当地乡政府或土地管理所请求解决；乡镇不受理的当事人可直接向县政府申请，受理机关对受理的宅基地土地纠纷先行调解，调解无效的作出处理决定；当事人对处理决定不服的可以在接到处理决定后30日内，直接向人民法院起诉。
《土地管理法》第十四条
土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。
单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。
当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。
在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。知对方当事人。
征地拆迁办属于房屋征收部门，是由市、县级人民政府确定下来组织实施本行政区域的房屋征收与补偿工作的。找法网提醒您，房屋征收部门对房屋征收实施单位在委托范围内实施的房屋征收与补偿行为负责监督，并对其行为后果承担法律责任。
