工程款抵扣的主张按照如下方式予以处理：发包人主张将工程款予以抵扣，如果是双方在合同中有所约定的，一般应该支持。但是承包人依据建设工程施工合同要求发包人支付工程款，发包人主张将其已向合法分包人、实际施工人支付的工程款予以抵扣的，不予支持。
当事人主张对方拖欠工程款的，可以提供以下证据：
1.当事人诉讼主体资格的证据，如营业执照或工商查询资料；
2.双方签订的工程施工合同；
3.当事人对工程量、工程质量共同确认的证据，如工程验收、结算凭证，质检报告等。
根据《民事诉讼法》第六十六条证据包括：
（一）当事人的陈述；
（二）书证；
（三）物证；
（四）视听资料；
（五）电子数据；
（六）证人证言；
（七）鉴定意见；
（八）勘验笔录。
证据必须查证属实，才能作为认定事实的根据。
工程欠款诉讼时效是三年，自纠纷产生之日起计算。
找法网提醒您，拖欠工程款的起诉属于民事诉讼，因此拖欠工程款的起诉程序只要符合《民事诉讼法》即可。也就是说只要将起诉书提交人民法院，人民法院立案受理了，起诉程序就完成了。拖欠工程款的起诉状要注意：
1.首部，主要写明民事案件双方当事人的基本情况，必须有明确的请求对象；
2.正文，包括诉讼请求、事实和理由、证据和证据来源；
3.尾部，主要依次写明受诉人民法院全称、起诉人名称、起诉时间以及附项内容。
