根据《土地管理法》规定，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。
找法网提醒您，征地补偿协议诉讼时效六个月。当事人直接向人民法院提起诉讼，需要知道或者应当知道作出行政行为之日起六个月内提出，另外超过五年提起诉讼的，人民法院不予受理。
农村土地征收的补偿费用，按下列方法分配：
1.地上附着物和青苗补偿费，由地上附着物和青苗的实际所有人取得；
2.土地补偿费由村集体拟定分配方案，经村民会议讨论通过后实施，未经村民会议讨论决定，任何单位和个人不得决定如何分配。
《中华人民共和国土地管理法实施条例》第二十六条
土地补偿费归农村集体经济组织所有;地上附着物及青苗补偿费归地上附着物及青苗的所有者所有。
征收土地的安置补助费必须专款专用，不得挪作他用。需要安置的人员由农村集体经济组织安置的，安置补助费支付给农村集体经济组织，由农村集体经济组织管理和使用;由其他单位安置的，安置补助费支付给安置单位;不需要统一安置的，安置补助费发放给被安置人员个人或者征得被安置人员同意后用于支付被安置人员的保险费用。
市、县和乡(镇)人民政府应当加强对安置补助费使用情况的监督。
