基建工程审计的主要程序如下：
1.应在建设项目正式立项时，即将其纳入审计视野，关注其各项前期准备工作。正式进点时间可安排在即将正式开工前。
2.审计组应在项目现场设立办公场所，与被审计单位建立定期例会制度，参加被审计单位的重要例会，及时了解、掌握项目有关情况，提出审计意见，并且作好会议记录。
3.对中标合同价进行控制，不允许施工现场随意变更设计、增项、减项、扩大工程造价；对工程用料，隐蔽工程进行质量和数量监控，防止施工单位偷工减料或以次充好。所有隐蔽工程除应有甲方施工现场管理人员、监理人员签字外，还必须有跟踪审计人员签字。
4.审计组成员应经常深入施工现场，掌握工程进展、变更等真实情况，了解工程建设中涉及的有关技术问题，熟悉工程计量规则及有关费用的测算办法，并且作好相关记录。对各参建单位(包括建设项目相关单位)实际完成的工作内容、工作数量、工作质量进行核定，开具核定单。
5.审计组应根据跟踪审计实施方案的要求，要求被审计单位按照审计组规定的时间和方法报送工程结算资料，并及时确定审计结果。
6.审计组应建立《跟踪审计项目台账》，由主审人员负责及时登记审计时间、工作纪实(包括工作内容、审计事实、发现问题、审计意见、整改情况、审计成果。
1.注意招投标是否合规。建设项目招投标情况审计是审计的源头，只要从源头开始规范，才能有利于公司施工及管理。
2.注意工程预算是否超标。检查工程结算总额是否超过预算总额，预算变更及调整是否经有领导审批；单项工程预算编制是否真实、准确，包括工程量计算是否符合规定的计算规则，是否准确；分项工程预算定额选套是否合规，选用是否恰当。
3.注意签证手续是否齐全。检查签证单是否有业主驻工地代表、承建商、监理工程师的签字盖章。签证在签字过程中模仿笔迹、变相复印、其他人代笔等多种形式。检查签证有无双方单位盖章，印章是否伪造，复印件与原件是否一致等是审核的重要内容。
4.注意工程量的是否相符。要审核工程量时，特别注意是对于工程量的签证，审核时必须到现场逐项丈量、计算，逐笔核实。特别是对装饰工程和附属工程的隐蔽部分应作为审核的重点。因为这两部分往往没有图纸或者图纸不很规范，而现场勘察又比较困难。对破坏性的审核也不能过大。
找法网提醒您，审计报告一般是由第三方出，并不是由甲方或者乙方出具。任何审计都具有三个基本要素，即审计主体、审计客体和审计授权或委托人。
1.审计主体，是指审计行为的执行者，即审计机构和审计人员，为审计第一关系人；
2.审计客体，指审计行为的接受者，即指被审计的资产代管或经营者，为审计第二关系人；
3.审计授权或委托人，指依法授权或委托审计主体行使审计职责的单位或人员，为审计第三关系人。
