工厂搬迁补偿金要扣税费。与企业拆迁补偿款中有联系的税种主要包括三种：企业所得税、增值税和土地增值税。其中企业所得税需要缴纳，营改增之后，增值税也不收。此外不同的征收可能会免除部分税种。因国家建设需要的拆迁补偿款，免征土地增值税。但是如果是商业征收，则不免征土地增值税。
找法网提醒您，工厂拆迁补偿费用主要分为以下四个方面：
1.是拆迁资产的补偿费用，包括：无法搬迁的土地、房屋、建筑物和地上附着物，以及确因搬迁而发生损失的机器设备而生的补偿等； 对于房屋、建筑物的补偿，应当以相关房产证明登记的建筑面积为计算标准。
2.是停产停业损失，以实际情况而定，一般既包括实际经营损失也可酌情包括预期经营损失。
3.是拆迁补偿费用，包括搬迁前期费用和搬迁过程中发生的停工费用、机器设备调试修复费用以及物资的拆卸、包装和运输、解聘员工补偿费等费用。
4.是基于拆迁政策发生的奖励费用，包括速迁费、拆迁奖励费等。
工厂搬迁单位不给赔偿可以申请劳动仲裁，要求用人单位支付违法辞退的赔偿金。
1.去当地人力资源和社会保障局（原劳动局）内的劳动争议仲裁委，申请劳动仲裁，立案时需携带：仲裁申请书2份、申请人身份证复印件1份；相关证据复印件和证据清单2份；用人单位的工商登记信息（北京地区不需要提供登记信息）。
2.提交材料后，5个工作日仲裁委给予立案，然后给双方举证期，给对方答辩期；然后开庭审理，之后对你们双方进行调解，调解不成仲裁委会下达裁决书；劳动仲裁60天内结案；对于裁决书不服，劳动者可以起诉到法院；
3.申请劳动仲裁期间，不耽误劳动者去新单位工作。
