股权转让协议的无效判定方式：
1.股权转让是由无民事行为能力人订立的；
2.股权转让是行为人与相对人以虚假的意思表示订立的；
3.股权转让是因违反法律、行政法规的强制性规定而导致无效的；
4.股权转让是行为人与相对人恶意串通，损害他人合法权益而订立的。
《民法典》第一百四十四条规定，无民事行为能力人实施的民事法律行为无效。
第一百四十六条规定，行为人与相对人以虚假的意思表示实施的民事法律行为无效。
股权转让后如下妥善处理相关债务：股权转让后公司的债权债务还是由公司的财产处理，只要股东尽到了出资义务即可，公司作为独立的法人，享有独立的法人财产，以其全部财产对公司的债务承担偿还责任。
股权转让的诉讼时效是三年。如果当事人之间产生了股权争议，协商不成的，可以向法院起诉。三年的诉讼时效期间，是从权利人知道或者应当知道权利受到损害，以及义务人之日起计算。
找法网提醒您，《中华人民共和国民法典》第一百八十八条向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
