工程变更的程序如下：
1.需要先提交工程变更申请报告；
2.填报变更原因、相关图纸和变更工程量和造价等；
3.承包商按工程变更通知令执行工程变更。
法律依据：
《公路工程设计变更管理办法》第十四条
项目法人在报审设计变更文件时，应当提交以下材料：
（一）设计变更说明；
（二）设计变更的勘察设计图纸及原设计相应图纸；
（三）工程量、投资变化对照清单和分项概、预算文件。
《公路工程设计变更管理办法》第十五条
设计变更文件的审批应当在20日内完成。无正当理由，超过审批时间未对设计变更文件的审查予以答复的，视为同意。需要专家评审的，所需时间不计算在上述期限内。审批机关应当将所需时间书面告知申请人。
工程设计费用的收费标准的规定是：
1.测绘费：测绘费按各区的具体情况定，如：普通住房是1.36元/平方，商业房2.04元/平方，生产车间2.72元/平方。
2.评估费：100万元内0.5%(评估额,允许浮动);100万元外0.3%(评估额,允许浮动)。
3.交易费：一般情况是，新商品住房，3元/平方;二手住房，6元/平方;非住房，10元/平方。
4.工本费：住房，登记费80元，非住房，登记费550元(也叫工本费)。
5.抵押登记费：住房，120元;非住房550元(允许浮动)。
此外，买房人还应缴纳一些税费，如契税：房款的1.5%(面积在144平米以上的需要缴纳3%，面积在90平米以下并且是首套房的可以缴纳1%)。土地出让金：按成本价的1.5%建筑面积，住房面积是140以上需要3%(公房才需要，即没有土地证)。印花税：房款的0.05%。
找法网提醒您，工程设计合同有的内容如下：
1.提交有关基础资料和文件（包括概预算）的期限。这是对勘察人、设计人提交勘察、设计成果时间上的要求。当事人之间应当根据勘察、设计的内容和工作难度确定合理的提交工作成果的期限。勘察人、设计人必须在此期限内完成并向发包人提交工作成果。
2.勘察或者设计的质量要求。勘察人或者设计人应当对没有达到合同约定质量的勘察或者设计方案承担违约责任。
3.勘察或者设计费用。这是勘察或者设计合同中的发包人所应承担的最重要的义务。勘察工作的收费标准是按照勘察的内容来决定的。
4.双方相互协作条款。双方相互协作条款一般包括双方当事人在施工前的准备工作、施工人及时向发包人提出开工通知书、施工进度报告书、对发包人的监督检查提供必要的协助等。
