建设工程结算纠纷的原因：
1.建设工程招投标程序中的违法行为；
2.招投标程序中的串标、泄露标底的行为；
3.缺乏有效的诚信机制；
4.法制缺陷留下造成逃废工程款的漏洞。
处理建筑工程合同纠纷的方式如下：
当事人可以按照平等互利的原则私下进行和解，和解不成可请第三方加以协商解决；协商不成时可以根据建设工程合同的约定交由指定机构进行仲裁，仍未解决的可以向人民法院提起诉讼。
法律依据
《中华人民共和国民法典》第五百七十七条
当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
找法网提醒您，工程结算纠纷处理流程如下：
1.提交诉状申请立案
债权人可以写一份起诉状然后递交到法院立案厅进行立案。
2.法院发出受理通知
在法院立案之后，人民法院会对债权人发出受理通知。
3.法院组织双方交换证据、被告递交答辩状
债权人和债务人交换双方的证据，债务人就债权人的诉求作出应答。
4.开庭审理、质证、辩论
上述程序进行完之后，双方只需等待开庭，然后参与审判即可。
5.宣布判决结果
有可能是当庭宣判，也可能是择日宣判。
6.判决生效，执行
起诉前进行财产保全，有利于维护权益，有利于执行。
