工程建设款项纠纷解决方式有如果合同有约定，按约定方式处理，没有约定的，可以通过协商、诉讼等方式解决。
找法网提醒您，根据《中华人民共和国民法典》第四百七十条【合同主要条款与示范文本】合同的内容由当事人约定，一般包括下列条款：
(一)当事人的姓名或者名称和住所;
(二)标的;
(三)数量;
(四)质量;
(五)价款或者报酬;
(六)履行期限、地点和方式;
(七)违约责任;
(八)解决争议的方法。
当事人可以参照各类合同的示范文本订立合同。
1.原告向人民法院递交起诉状、副本及相关的证据；
2.人民法院接受原告提交的文件、材料，进行审查，符合条件的予以立案；
3.法院将原告的起诉书副本送达被告；
4.被告作出书面答辩；
5.开庭审理；
6.法院做出判决。
《中华人民共和国民事诉讼法》第一百二十三条起诉应当向人民法院递交起诉状，并按照被告人数提出副本。
书写起诉状确有困难的，可以口头起诉，由人民法院记入笔录，并告知对方当事人。
起诉工程纠纷需要的证据有以下几种：
1.建设工程施工合同；
2.增减工程量的补充合同或者备忘录、现场工程签证单等；
3.工程预、决算报告；
4.支付工程款的付（收）款凭证，当事人或第三方对工程量、工程质量共同确认的证据，如工程验收、结算凭证，质检报告等；
5.合同及有关修改合同的设计变更文件、洽商记录、会议纪要及资料、图表；提供建筑许可证、资质证书等证明其合法主体资格的有关证据；
6.工程预算、决算书；拨付、收取工程款凭证；
7.施工图纸、施工记录；
8.发包方供应材料和设备的证明；承包方采购材料和设备的证明；工程竣工验收手续；有关部门的鉴定结论；国家机关的有关文件。
